Проходил срочную службу на Тихоокеанском флоте в 1963—1966.
С 1966 года работал на различных должностях в органах КГБ СССР. Окончил Высшую школу КГБ в 1970 году по специальности «юрист-правовед». Звание — Вице-адмирал. Имеет дипломатический ранг Чрезвычайного и Полномочного Посла. Действительный государственный советник Российской Федерации 1 класса.
Заместитель директора Службы внешней разведкиРоссийской Федерации в 1991—1996. Заместитель Министра иностранных дел Российской Федерации в 1996—1998. Руководитель Аппарата Правительства Российской Федерации — Министр Российской Федерации в 1998—1999 в правительстве Евгения Примакова.
Чрезвычайный и полномочный посол Российской Федерации в Литовской Республике в 1999—2003 годах, Чрезвычайный и полномочный посол Российской Федерации в Республике Молдова в 2003—2004 годах. Заместитель секретаря Совета безопасности Российской Федерации с 2004 по 2011 годы.
Зубаков женат, имеет дочь и сына.