Мать Жюстин, Франсуаза Розьер, умерла от рака, когда Жюстин было 12 лет. С началом профессиональной теннисной карьеры у Жюстин разладились отношения с остальными членами семьи: отцом, сестрой и братьями. Только в 2007 году, после автомобильной аварии, в которую попал её старший брат Давид, она помирилась с родными.
16 ноября 2002 года Жюстин вышла замуж за тренера по теннису Пьера-Ива Арденна (фр. Pierre-Yves Hardenne), но в январе 2007 года развелась с ним, из-за чего не смогла принять участие в открытом чемпионате Австралии. Во время замужества носила двойную фамилию Энен-Арденн.
Жюстин Энен ведёт активную благотворительную деятельность. В декабре 2003 года она создала благотворительный фонд «Les Vingt Coeurs de Justine» («Двадцать сердец Жюстин»; в названии также заключена игра слов: Vingt Coeurs звучит как Vainqueurs, то есть победители), целью которого провозглашалась помощь детям, больным раком. Её деятельность была отмечена наградой журнала «Family Circle» и компании «State Farm Insurance» в 2005 году. После своего первого ухода она была Послом доброй воли от Бельгии в ЮНИСЕФ.
Жюстин Энен играет в теннис с пяти лет. В 14 лет с ней начал работать тренер Карлос Родригес. Начиная с 1996 года, Жюстин завоевала ряд престижных юниорских титулов. Она победила на юниорском турнире высшей категории Orange Bowl в возрастной категории до 14 лет и на чемпионате Европы в этой же категории, а в 1997 году, в 14 лет, выиграла Открытый чемпионат Франции среди девушек, куда была допущена, получив wild card. В 15 лет и 2 месяца она стала самой молодой в истории чемпионкой Бельгии по теннису. Год она закончила на шестом месте в рейтинге среди девушек-юниоров. В 1997 году она также выиграла свои первые профессиональные турниры, проходившие в Ле-Туке (Франция) и Коксийде (Бельгия) под эгидой Международной федерации тенниса (ITF), а в 1998 году добавила в свою коллекцию ещё три одиночных и один парный титул того же уровня.
В 1999 году Жюстин была приглашена в национальную сборную на матч с командой Нидерландов. Она выиграла обе своих одиночных встречи, в том числе и у Мириам Ореманс, лидера сборной Нидерландов. Позже она впервые вышла в основную сетку Открытого чемпионата Франции, пробившись через квалификационный турнир, в первом круге победила 60-ю ракетку мира Кристину Бранди, а затем проиграла Линдсей Дэвенпорт, на тот момент второй в мире. Этот результат позволил ей войти в первую сотню сильнейших теннисисток согласно рейтингу WTA. В 2000 году Дэвенпорт снова стала на пути Энен в четвёртом круге Открытого чемпионата США, куда юная бельгийка попала, переиграв 14-ю ракетку мира Анну Курникову. В Кубке Федерации она приняла участие в полуфинальном матче Мировой группы против команды США, но проиграла Монике Селеш.
2001 год ознаменовал настоящий прорыв в карьере Энен. Она начала его с двух побед подряд на турнирах WTA в Австралии, причём в Канберре на пути к титулу последовательно победила четырёх посеянных соперниц, не потеряв ни одного сета. На Открытом чемпионате Германии, турнире I категории, она добралась до полуфинала, победив по пути вторую ракетку мира Винус Уильямс, после чего вошла в первую десятку рейтинга. Сразу после этого она вышла в полуфинал на Открытом чемпионате Франции в одиночном разряде, где проиграла соотечественнице Ким Клейстерс, и в паре с Еленой Татарковой, с которой они победили две из первых восьми посеянных пар перед тем, как проиграть Вирхинии Руано и Паоле Суарес. В июне она взяла реванш у Клейстерс в финале турнира в Хертогенбосе, а затем пробилась в финал Уимблдонского турнира, где на этот раз проиграла Винус Уильямс. До конца года она ещё дважды доходила до финала турниров WTA, после чего, находясь на шестом месте в рейтинге, приняла участие в Sanex Championships — итоговом турнире WTA-тура, в четвертьфинале проиграв Серене Уильямс. Завершила год она победой в Кубке Федерации, где выиграла все четыре своих игры в составе сборной, в том числе в финале над Надеждой Петровой.
За 2002 год Энен, уверенно сохранявшая место в десятке сильнейших, шесть раз побывала в финалах турниров WTA в одиночном разряде, выиграв два из них. По пути к победе в Берлине она обыграла вторую ракетку мира, Дженнифер Каприати. Однако певая позиция в рейтинге пока оставалась для неё недоступна: за год она семь раз встречалась с сёстрами Уильямс, на тот момент лидерами женского тенниса, и проиграла шесть из семи матчей, в том числе против Винус в полуфинале Уимблдонского турнира. в конце сезона, в её втором подряд итоговом турнире года, она в четвертьфинале уступила Клейстерс. Хорошо Энен выступала и в парах, выиграв за сезон два турнира WTA с Меганн Шонесси и Еленой Бовиной, но относительно редкие выступления в парном разряде не позволили ей занять высокое место в рейтинге.
В 2003 году, сосредоточившись на игре в одиночном разряде, Энен-Арденн (выступавшая теперь под двойной фамилией) сначала дошла до полуфинала Открытого чемпионата Австралии, где её в очередной раз остановила Винус Уильямс, а затем выиграла с февраля по май три турнира WTA, в том числе турнир I категории в Чарльстоне, где в финале победила Серену Уильямс, на тот момент первую ракетку мира, и второй раз подряд Открытый чемпионат Германии, победив в финале Клейстерс. Вслед за этим последовала первая победа на турнире Большого шлема: на Открытом чемпионате Франции посеянная четвёртой Энен-Арденн последовательно обыграла в полуфинале и финале двух лидеров рейтинга, Серену Уильямс и Клейстерс. В следующем месяце на Уимблдоне Серена Уильямс отомстила обидчице, остановив её в полуфинале, но затем на Открытом чемпионате США Энен-Арденн завершила серию из трёх выигранных турниров подряд, завоевав второй титул за сезон в турнирах Большого шлема. В финале ей снова противостояла Клейстерс, занимавшая первую строчку в рейтинге, а сама Жюстин после этой победы поднялась на вторую позицию. В конце года на итоговом турнире WTA она уступила в полуфинале Амели Моресмо, шестой в мире. Этот результат и предшествовавшие ему финалы в Лейпциге, Фильдерштадте и Цюрихе позволили ей в конце года подняться наконец на первую строчку в рейтинге, а всего за год она участвовала в 11 финалах и выиграла восемь из них. По итогам сезона она была признана спортсменкой года в Бельгии. В феврале следующего года они с Клейстерс были произведены королём Альбертом II в кавалеры Большого креста ордена Короны.
В начале 2004 года Эне-Арденн выиграла четыре турнира, в том числе Открытый чемпионат Австралии, но затем вынуждена была сняться с турниров в Чарльстоне (из-за гипогликемии) и Берлине (по болезни, вызванной цитомегаловирусом). Попытка вернуться к Открытому чемпионату Франции обернулась поражением уже во втором круге, что стало поражением на самом раннем этапе для первой ракетки турнира с 1925 года. В результате Жюстин пропустила также ряд летних турниров и впервые с мая вернулась на корт только на Олимпиаде в Афинах, переиграв в полуфинале Анастасию Мыскину, а в матче за «золото» — Моресмо. После поражения от Надежды Петровой в четвёртом круге Открытого чемпионата США она впервые за 45 недель потеряла первое место в рейтинге, спустившись на четвёртую позицию, и пропустила остаток сезона, продолжая бороться с вирусом. Несмотря на большей частью пропущенный сезон, свежеиспечённая олимпийская чемпионка стала во второй раз подряд спортсменкой года в Бельгии.
2005 год начался для Энен-Арденн с травмы колена, и в результате она начала сезон только в марте, находясь на сороковом месте в рейтинге. Тем не менее она выиграла четыре из пяти первых турниров после возвращения, в том числе и Открытый чемпионат Франции, победив за это время восемь соперниц, представлявших первую десятку рейтинга, включая действующую первую ракетку мира Линдсей Дэвенпорт в четвертьфинале в Чарльстоне. Эта серия из 24 побед стала четвёртой в истории женского тенниса беспроигрышной серией матчей в грунтовом сезоне, заканчивающемся Открытым чемпионатом Франции (до Энен-Арденн такого успеха добивались Крис Эверт, Штеффи Граф и Моника Селеш). Вторая половина сезона прошла неудачно из-за травмы связок и включала поражение в первом же круге на Уимблдоне и в четвёртом круге на Открытом чемпионате США. За всю осень Энен-Арденн провела только одну игру, но закончила сезон в десятке сильнейших. В этом году она открыла свою теннисную академию «Шестое чувство» в Лимелетте, районе брабантской коммуны Оттиньи-Лувен-ла-Нёв.
В 2006 году Жюстин Энен-Арденн наконец смогла провести весь сезон без травм и болезней. Она побывала в финалах всех четырёх турниров Большого шлема, победив в третий раз за карьеру во Франции (в остальных финалах дважды уступила Моресмо и один раз Марии Шараповой), и завоевала первый в карьере титул на итоговом турнире сезона, обыграв в финале Моресмо. Завершила год она в финале Кубка Федерации, где выиграла обе личных встречи, но не смогла доиграть из-за травмы решающую парную, что и стало причиной неудачного итога всей матчевой встречи. После победы в итоговом турнире года Жюстин вернулась на первое место в рейтинге, а в Бельгии в третий раз была избрана спортсменкой года.
За 2007 год Жюстин Энен выиграла десять турниров из четырнадцати, в которых приняла участие. Пропустив Открытый чемпионат Австралии по семейным обстоятельствам, она в четвёртый раз за карьеру выиграла Открытый чемпионат Франции и во второй раз Открытый чемпионат США, а на Уимблдоне дошла до полуфинала. Кроме того, она победила в Дубае, Дохе, Варшаве, Истбурне, Торонто, Штутгарте, Цюрихе и, во второй раз в карьере, в итоговом турнире сезона в Мадриде, а в Майами вышла в финал. В итоге Энен стала первой теннисисткой за историю WTA-тура, за год заработавшей свыше пяти миллионов призовых. Её общий результат за год, 63 победы при четырёх поражениях (94% побед), был вторым за историю тура после 97,7% побед у Штеффи Граф в 1989 году. Энен была признана спортсменкой года в Бельгии в четвёртый раз за пять лет, а также спортсменкой года в мире.
С января по май 2008 года Жюстин Энен провела 20 матчей, выиграв 16 и добавив к своему списку титулов сороковое и сорок первое звание. Однако в начале мая она была вынуждена прервать участие в Открытом чемпионате Германии из-за хронической усталости. 14 мая 2008 года в Брюсселе Энен неожиданно объявила о прекращении спортивной карьеры. Впервые в истории тенниса с корта ушла первая ракетка мира. В качестве прекращения карьеры Энен назвала потерю мотивации и общую усталость, как физическую, так и психологическую; возможно также, что на неё повлиял аналогичный уход Ким Клейстерс за год до этого.
Немногим больше года спустя, 22 сентября 2009 года, Энен объявила о возвращении в теннис. Одним из мотивов своего возвращения Энен назвала победу Роджера Федерера на Ролан Гаррос-2009 и оформление карьерного Большого Шлема. Энен для достижения этого нужно выиграть Уимблдон, о чём и заявил её неизменный тренер Карлос Родригес и подчеркнул приоритетность этой задачи.
В выставочных турнирах перед официальным возвращением Жюстин последовательно обыграла Кирстен Флипкенс, Флавию Пеннетту и Надежду Петрову.
В первых после возвращения турнирах Энен дважды дошла до финала, в Брисбене уступив также недавно вернувшейся в спорт Ким Клейстерс, а на Открытом чемпионате Австралии — Серене Уильямс. В своём первом премьер-турнире сезона, в Индиан-Уэллс, она, напротив, выбыла из борьбы уже во втором круге, проиграв Жиселе Дулко из Аргентины. В марте в Майами она переиграла в четвертьфинале вторую ракетку мира Каролин Возняцки, а в апреле в Штутгарте и в июне в Хертогенбосе выиграла первые два официальных турнира после возвращения. На Уимблдоне, где она была посеяна семнадцатой, она в четвёртом круге во второй раз за сезон проиграла Клейстерс, после чего из-за травмы локтя больше до конца сезона не играла, закончив год на 12-й позиции в рейтинге. По итогам сезона она была удостоена награды WTA в категории «Возвращение года».
В начале 2011 года, оправившись от травмы локтя, Жюстин сделала очередную попытку вернуться. Старт сезона пришёлся на пертский Кубок Хопмана. Бельгийка выиграла все свои матчи в одиночном разряде, обыграв, среди прочих, Ану Иванович. На Australian Open бельгийка дошла до третьего раунда, где проиграла Светлане Кузнецовой. По ходу австралийской серии Энен вновь стали донимать проблемы с локтем. После ряда медицинских тестов Жюстин приняла решение не рисковать своим здоровьем и завершить карьеру.
По единодушному мнению специалистов и болельщиков Энен была наиболее универсальной из всех теннисисток тура. Она одинаково хорошо играла на всех типах покрытий. Её игра отличалась высокой техникой, необычайным разнообразием, творческим подходом к каждому матчу. Всё это в сумме с бойцовским характером Жюстин позволяло ей при достаточно скромных физических кондициях быть одним из лидеров, а в последние полтора сезона безоговорочным лидером женского тенниса. В околотеннисных кругах за выдающийся уровень тенниса Энен некоторые люди стали называть «Федерер в юбке».