До 13 лет он выступал в клубе своего родного города «Портимоненсе», затем поменял команду на лиссабонский «Спортинг».
В возрасте 17 лет он вызывался в основную команду для участия в предсезонных играх и показывал в них неплохую игру. Однако после начала сезона он вновь вернулся в молодёжную команду и помог ей выиграть чемпионский титул. В начале 2005 года он дебютировал за основную команду в матче Кубка Португалии. Он быстро вписался в игру, был очень подвижен на поле, раздавал хорошие передачи и не боялся брать на себя инициативу.
Во следующем сезоне Мотинью прочно закрепился в основном составе и стал единственным полузащитником Чемпионата Португалии, отыгравшим все матчи турнира без замен. Его хорошая игра помогла клубу занять второе место.
В сезоне 2006/2007 после ухода из клуба Рикарду Са Пинту, Жуан был выбран вице-капитаном на тот момент ему было всего лишь 19 лет. В следующем сезоне Мотинью стал капитаном после ухода из клуба Куштодиу и Рикарду Перейры.
5 июля 2010 года Моутинью перешёл в клуб «Порту», подписав контракт до лета 2015 года.
В сборной Португалии Мотинью дебютировал в возрасте 18 лет 17 августа 2005 года в игре против Египта.