Жуан — воспитанник школы «Сан-Паулу». Дебютировал за основную команду в 2000 году и спустя год был продан в английский «Арсенал». Там латералю не давали много шансов себя проявить, поэтому за «канониров» Жуан сыграл лишь два матча — по одному в Кубке Лиги и Кубке Англии 2001/2002, который его команда в итоге завоевала в том сезоне. Фактически два года в Англии были потеряны для молодого игрока, не помогла даже аренда в «Миллуолл» в 2003 году.
В 2004 году Жуан перешёл во «Флуминенсе». Там он довольно быстро адаптировался и влился в основной состав. В 2005 году завоевал с «трёхцветными» титул чемпиона штата Рио.
В начале 2006 года перешёл во «Фламенго». Его гол в ответном финальном матче Кубка Бразилии в том году позволил команде праздновать победу над «Васко да Гамой», как и итоговый триумф в турнире. Жуан был признан лучшим игроком того матча.
22 августа 2008 года Жуан дебютировал в сборной Бразилии против команды Боливии в рамках квалификационных игр к чемпионату мира 2010. По итогам года Жуан Малдонадо (добавление Малдонадо стало актуальным после вызова в сборную, так как там уже есть игрок Жуан, также выступающий на позиции защитника) был признан лучшим левым защитником чемпионата Бразилии сразу по двум версиям — Placar и CBF/Globo.
Жуан продолжал вызываться Дунгой на игры сборной. Ещё один матч он провёл против сборной Чили, выигранном бразильцами со счётом 3:0.
В 2011 году Жуан перешёл в «Сан-Паулу».