Родился в семье испанских мигрантов.
Пепе известен в большей степени как автор более чем 400 голов за ФК «Сантос». Он был одним из лидеров великой команды «Сантоса» 1950—1960-х (играл за клуб с 1954 по 1969) годов и по количеству голов за клуб уступает лишь Пеле. Пепе был основным игроком сборной Бразилии на левом фланге атаки, но каждый раз перед началом чемпионатов мира получал травмы, и уступал своё место Марио Загалло.
После завершения карьеры футболиста стал тренером, первоначально — молодёжных команд «Сантоса». В 1973 году, в первый же год самостоятельной работы в качестве главного тренера с «Сантосом» выиграл чемпионат штата Сан-Паулу.
С 1978 года начался более активный период в тренерской карьере Пепе. В 1981 году он выиграл чемпионат штата Минас-Жерайс с «Атлетико Минейро». В 1986 году привёл команду «Интернасьонал Лимейра» к победе в Лиге Паулиста, что является по сей день высшим достижением в истории этого клуба. В том же году возглавил «Сан-Паулу» и помог «трёхцветным» стать чемпионом Бразилии.
Всего за более чем 30-летнюю карьеру тренера Пепе работал с более чем полутора десятками клубов из 4 стран трёх континентов, возглавлял в 1989 году сборную Перу.
С 2004 года отошёл от активной тренерской деятельности.