После смерти отца вступил на престол в 1750. Все дела управления государством предоставил маркизу де Помбалу, сам же предался удовольствиям. При нём произошло разрушительное Лиссабонское землетрясение 1755 года. Покушение на жизнь короля, имевшее место в 1758 (см. Авейру), послужило поводом к изгнанию из Португалии иезуитов. Умер после продолжительной болезни, во время которой регентство принадлежало его супруге Марианне Виктории, дочери испанского короля Филиппа V. Жозе наследовала его старшая дочь Мария I.
В 1732 году Жозе женился на Марианне Виктории, дочери испанского короля Филиппа V. От этого брака родились четыре дочери:
Не имея наследников мужского пола, король Жозе в 1760 году выдал свою старшую дочь Марию I за своего родного брата, Педру. В 1777 году младшая дочь — Мария Франциска Бенедикта — вышла замуж за своего родного племянника — старшего сына Марии I — Жозе. Две другие дочери остались незамужними.