Накануне Второй мировой войны как министр иностранных дел (апрель 1938 — сентябрь 1939) проводил политику сговора с государствами оси, был одним из инициаторов Мюнхенского соглашения 1938 года. 25 февраля 1939 признал законность (фр.)русск. правительства Франко, чем обеспечил нейтралитет Испании в случае войны Германии и Франции.
С 1941 — член правительства Виши. В 1944 исключен из Радикальной партии.
После освобождения Франции он эмигрировал в Швейцарию, чтобы избежать судебного преследования за сотрудничество с нацистами, где и проживал до марта 1950. В 1946—1948 Бонне опубликовал свои мемуары, в которых пытался оправдать провал своей довоенной политики и сотрудничество с оккупантами. В 1953, после амнистии всех тех, кто был объявлен виновным в "национальном позоре", Бонне вернулся во Францию и продолжил политическую деятельность, и даже был восстановлен в Радикальной партии в 1952, однако в 1955 он отказался поддерживать Пьера Мендес-Франса, за что был повторно исключён. В 1956 избран мэром Брантома (англ.)русск.и депутатом от Дордони.