Жонатан — воспитанник клуба «Крузейро». Он дебютировал в основном составе команды 24 июля 2005 года в матче с «Сантосом», в котором его клуб победил 3:2. В следующем году он выиграл чемпионат штата Минас-Жерайс. Начиная с сезона 2007 года, Жонатан стал игроком основы Крузейро, в том же году он забил свой первый мяч за клуб, поразив, 25 августа 2007 года, ворота «Коринтианса». 5 сентября 2007 года Жонатан продлил контракт с клубом до июля 2011 года. В 2008 и 2009 году Жонатан с клубом дважды подряд выигрывали чемпионат штата.
В декабре 2009 года московский «Локомотив» вёл переговоры по поводу перехода Жонатана.
В 2011 году выиграл вместе с «Сантосом» Кубок Либертадорес, однако в финальных матчах не участвовал. В том же году защитником заинтересовался миланский «Интер». 15 июля 2011 года подписал контракт с «Интером» сроком до 30 июня 2015 года. 18 января 2012 года перешёл в «Парму» на правах аренды до конца сезона 2011/12.
Жонатан выступал за сборные Бразилии различных с 15-ти до 21 года. Он был победителем юношеского чемпионата мира 2003 года, проходившего в Финляндии.