Играл в командах «Дайнава» (Алитус, Литва), Жальгирис (Вильнюс, Литва), «Полония» (Вильнюс, Литва). В московском «Динамо» с декабря 2001 года. В основном составе «Динамо» дебютировал 4 мая 2003 мая в матче «Уралан» — «Динамо», 1:5, выйдя на замену вместо полевого игрока сменив в воротах удаленного основного, на тот момент, вратаря Романа Березовского.
Чемпион России среди дублирующих составов 2002 и 2003 годов. Признан лучшим игроком дублирующего состава московского «Динамо» 2003 года по опросу среди болельщиков.
Дебютировал в составе сборной Литвы по футболу в 2002 году. После того, как Гинтарас Стауче в 2004 году завершил карьеру футболиста, Жидрунас Карчемарскас стал основным вратарём литовской национальной команды.
Старший брат Роландас выступает за литовский футбольный клуб «Ветра».