В начале карьеры Жуниор играл за бразильский клуб «Витория». В конце 1990-х был частью легендарного состава Палмейраса, который выиграл множество трофеев в Бразилии и на международной арене.
В 2000 году отправился в Италию, в «Парму».
В середине 2000-х годов выступал за великий состав Сан-Паулу, и выиграл в его составе огромное число трофеев, включая Кубок Либертадорес и Клубный чемпионат мира.
В 2009-2010 годах выступал за «Атлетико Минейро». С 2011 года выступает за «Гояс».