С 1995 года обучался футболу в школе «Сьона», дебютировал на взрослом уровне в сезоне 2002/03. С этим клубом он выиграл только один трофей — Кубок Швейцарии в сезоне 2005/06.
14 июля 2007 года был куплен английским клубом «Манчестер Сити», при этом главный тренер «горожан» Свен-Ёран Эрикссон назвал его лучшим молодым игроком Швейцарии, а цена перехода оказалась второй по величине в истории швейцарской Супер Лиги (около ?4 200 000).
Будучи недовольным тем, что он не попадает в основной состав, 9 июля перешёл во французский «Сент-Этьен» за неразглашаемую сумму, подписав контракт сроком на два года.
31 августа 2010 года Фернандеш был арендован итальянским клубом «Кьево».
Желсон был капитаном молодёжной сборной Швейцарии. За главную сборную страны дебютировал 22 августа 2007 года матчем против Нидерландов. Провёл все три матча своей сборной на домашнем Евро 2008. Первый гол на международном уровне забил 28 марта 2009 года, поразив головой после навеса с углового ворота сборной Молдавии в рамках отборочных игр к чемпионату мира 2010 года, куда его сборная в итоге попала. Вторым для него стал гол в ворота сборной Испании на том чемпионате мира, оказавшийся единственным в матче и единственным для швейцарцев на том турнире.
Владеет пятью языками. Двоюродный брат Мануэла Фернандеша — игрока сборной Португалии.
Как игрока национальных сборных Швейцарии:
Как игрока «Сьона»: