Жан Тодт родился 25 февраля 1946 года в Пьерферо, департамент Канталь, Франция. Сын врача, окончил медицинский институт в Париже, по специальности никогда не работал.
С 1969 успешно выступал в чемпионате ралли за команду Peugeot Talbot в качестве штурмана. Наибольшего успеха добился в 1981 году, став вице-чемпионом серии в паре с Ги Фрекелином. Французская пара проиграла 7 очков своему партнёру Ари Ватанену, штурманом которого был другой известный в будущем менеджер Формулы-1 - Дэвид Ричардс.
После ухода из гонок Тодт стал спортивным менеджером и конструктором. Он принял участие в создании Peugeot 205 для ралли. Машина выиграла чемпионаты 1985 и 1986 года, а также 24 часа Ле-Мана в 1992 и 1993. Тодт пытался уговорить руководство создать команду «Пежо» в Формуле-1, но идея не была поддержана.
После этого Жан принял предложение «Феррари» и возглавил её отделение Формулы-1 с 1993 года. В этом качестве Жан привлёк в команду Росса Брауна и Михаэля Шумахера, с которыми они привели Ferrari к череде блестящих побед в чемпионатах в начале 2000-х годов. Вместе с Россом Брауном Тодт считается идеологом «командной тактики», при которой предпочтение команды отдаётся одному гонщику с целью сделать его чемпионом. Будучи успешной, эта стратегия тем не менее часто вызывала недовольство как болельщиков, так и руководителей FIA. После того как на Гран-при Австрии 2002 года Тодт отдал Рубенсу Баррикелло прямой приказ отдать победу Шумахеру, такие приказы были запрещены правилами.
Жан Тодт вышел в отставку в 2008 году. В 2009 он победил на выборах на пост главы FIA. Его главным соперником был Ари Ватанен, которого Тодт выиграл с 135 голосами против 49 голосов его финского оппонента.
Тодт — кавалер Ордена Почётного легиона и Малайского почётного звания «Датук сери», эквивалентного рыцарскому. Улица в его родном городе Пьерферо называется в его честь.
Сыграл роль-камео в фильме «Астерикс на Олимпийских играх»