После завершения игровой карьеры тренировал французский «Олимпик» Лион и «Монако», английский «Фулхэм». С 2005 по 2007 год был главным тренером турецкого «Бешикташа».
25 мая 2010 года Тигана был назначен главным тренером клуба «Бордо». 7 мая 2011 года Жан покинул пост наставника команды из-за болельщиков клуба, которые выкрикивали оскорбления в адрес дочери тренера во время матча, в котором «Бордо» проиграл 0:4.
18 декабря 2011 года Тигана был назначен главным тренером китайского клуба «Шанхай Шеньхуа»