Один из немногих современных модельеров, не получивших специального образования, Готье в юности рассылал свои наброски ведущим кутюрье Парижа, и в 18 лет был принят на работу в дом моды Пьера Кардена. В 1976 г. впервые создал собственную коллекцию, а к 1981 г. разработал фирменный провокационный стиль, принёсший ему признание.
Готье – открытый гей. Вдохновляясь тем, что видел на улицах парижских предместий, Готье прославился как «анфан террибль» высокой моды. Он носил тельняшку и килт, одевал мужчин-моделей в женские костюмы, отдавал предпочтение эпатажным моделям с пирсингом. В 1993 г. открыл собственную парфюмерную линию.
Едва ли не самым известным изобретением Готье был остроконечный чёрный бюстгальтер Мадонны, дебютировавший во время её мирового турне в 1990 году. Другой знаменитый клиент Готье — Мэрилин Мэнсон. Готье удалось поработать и с участниками Евровидения, такими как победительница 1998 года и участница 2011 года Дана Интернешнл.
Создал экстравагантные костюмы для фильмов Педро Альмодовара («Кика»), Питера Гринуэя («Повар, вор, его жена и её любовник»), Люка Бессона («Пятый элемент»), Жана-Пьера Жёне и Марка Каро («Город потерянных детей»).
Вёл авторскую программу на канале MTB.
В 2003 году Готье был назначен креативным директором престижного парижского дома моды Herm?s. В том же году Herm?s приобрел 30% компании Jean Paul Gaultier S.A., а несколько лет спустя увеличил свою долю в фирме Готье до 45%. В мае 2010 года Жан-Поль Готье покинул Herm?s после семи лет работы. Основной причиной называется желание дизайнера сосредоточиться на собственном бренде. Готье сменил Кристоф Лемэр, который разрабатывал линию женской одежды в Herm?s, до этого занимал пост главного дизайнера в Lacoste, а также работал в Christian Lacroix, Yves Saint Laurent и Thierry Mugler. Herm?s выразил глубокую благодарность Готье за его неоценимый творческий вклад.
21 июля 2010 года Жан-Поль Готье был назван президентом собственного модного Дома и компании Jean Paul Gaultier S.A. Он сменил на этом посту Вероник Готье, не имеющую родственных связей с модельером. Теперь в обязанности Жан-Поля будет входить не только создание текущих коллекций модного Дома, но и его менеджмент.