Происходил из династии Тимуридов. В возрасте около 12 лет унаследовал от отца престол Ферганы. Его отец Омар-шейх погиб 9 июня 1494 года в возрасте 39 лет. Бабур в течение многих лет вёл междоусобную борьбу с другими феодалами.
В 1500—1505 годах был вытеснен ханом Шейбани в Афганистан, где основал новое государство со столицей в Кабуле. Оттуда в 1526 году предпринял завоевание Индии, куда перенёс центр вновь образованной державы. До 1512 года пытался безуспешно вернуть Бухару и Самарканд. Из Кабула Бабур совершал с 1519 года походы в Северо-Западную Индию и в 1525 году предпринял поход на Дели. В битвах с делийским правителем Ибрахимом Лоди при Панипате в апреле 1526 и с раджпутским князем Санграм Сингхом при Кхануа (близ Сикри) в 1527 Бабур одержал победы. К 1529 владения Бабура включали Восточный Афганистан, Пенджаб и долину Ганга, до границ Бенгалии.
Бабур переписывался с Алишером Навои. Стихи Бабура, написанные на чагатайском отличаются чеканностью образов и афористичностью. Главный труд Бабура — автобиография «Бабур-наме», первый образец этого жанра в исторической литературе, излагает события с 1493 по 1529 годы, живо воссоздаёт детали быта знати, нравы и обычаи эпохи. Умер Бабур 26 декабря 1530 года в Агре от дизентерии.
После обретения Узбекистаном независимости на его родине в городе Андижане был установлен памятник.