Начал карьеру репортера в 1979 году в Перу. В 80-х освещал события в Центральной Америке для журнала Time.
Автор одной из известнейших биографий Че Гевары (Che Guevara: A Revolutionary Life) впервые изданной в 1997 году (русское издание — в 2009). В ходе работы над этой книгой Йону Ли Андерсону удалось обнаружить в Боливии тайное захоронение останков Че Гевары, которые были эксгумированы и перемещены в мавзолей на Кубе.