Окончив среднюю школу Йохен Борхерт с 1957 по 1959 год изучал сельское хозяйство. С 1960 по 1961 год учился в сельскохозяйственном техникуме в Зосте, где и получил специальность аграрный инженер. В 1970 году перенял родительское предприятие в Бохум-Ваттеншейде и поступил в местный Рурский университет, который закончил в 1974 году как дипломированный экономист.
Борхерт является президентом немецкой ассоциации любителей охоты и председателем совета правления общества любителей охотничьих и гончих собак в Кёльне. Также принадлежит наблюдательным советам Dolff Beteiligungs AG, Дюссельдорф (председатель), Сельскохозяйственного страхового общества (LVM), Мюнстер (председатель). А также является председателем наблюдательного совета ряда подразделений группы страховых компаний LVM:
Йохен Борхерт состоит в браке, у него двое детей. Его жена, Ингрид Борхерт — член городского совета Бохума. Дочь, журналистка Катарина Борхерт — главный редактор сайта DerWesten.de.
С 1965 года Борхерт является членом ХДС. С 1977 по 2000 год был председателем окружной фракции ХДС Бохума, с 2000 года — почётный председатель. Кроме того, с 1993 по 2003 был председателем евангелической рабочей группы фракции ХДС / ХСС.
С 1976 по 1981 год Борхерт входил в состав городского совета Бохума. Членом немецкого бундестага являлся с 1980 года, всегда проходил по спискам от Северного Рейна—Вестфалии. С 1989 по 1993 год был бюджетным представителем фракции ХДС / ХСС бундестага.
21 января 1993 года Борхерт был приглашён в состав федерального правительства Коля на должность министра продовольствия, сельского и лесного хозяйства. После выборов в бундестаг 1998 года, 26 октября 1998 года — выбыл из состава федерального правительства.