Родился в семье адвоката Фридриха Северина Христиана Фатера (нем. Friedrich Severin Christian Vater) в Альтенбурге. В 1790-1794 годах посещал там гимназию. Затем изучал евангельскую теологию в университете Йены и в университете Халле. 2 мая 1794 года получил в Халле учёную степень доктора философии. В 1796 году стал приват-доцентом в Йене, а в 1799 году профессором теологии и восточных языков (нем. Professor f?r Theologie und morgenl?ndische Sprache) в Халле; с 1800 года профессор в Йенском университете и с 1809 года профессор в Альбертине. В 1810 году стал членом Академии общеполезных наук в Эрфурте (нем. Akademie gemeinn?tziger Wissenschaften zu Erfurt). В 1820 году снова стал профессором в Халле. В Халле 16 марта 1826 года он и умер.
Прежде всего Йоханн Северин Фатер ценится как специалист в области изучения славянских языков. Он является автором руководств к грамматикам польского (1807) и русского (1808) и языков. В 1823/1824 гг. он принимал в своём доме в Халле основоположника литературного сербскохорватского языка Вука Стефановича Караджича.
Основываясь на идеях Фатера, профессор Московского университета Алексей Васильевич Болдырев напечатал несколько исследований по части русской грамматики в «Трудах Общества любителей русской словесности».
Фатер был женат на Юлии Хайнигке (нем. Julie Heinigke), дочери альтенбургского врача. Их сын Фридрих Фатер в дальнейшем также стал философом.