Йохан Фонлантен родился 1 февраля 1986 года на севере Колумбии в городе Санта-Марте. Выступал за футбольные клубы «Янг Бойз» (Швейцария), НАК Бреда (Нидерланды), «Брешиа» (Италия), «Ред Булл» (Австрия). Игрок сборной Швейцарии на Чемпионате Европы 2004 года, где благодаря голу в ворота сборной Франции в матче 21 июня 2004 года стал самым юным бомбардиром за всю историю европейских первенств. Был заявлен в состав сборной на Чемпионат мира по футболу 2006 года, но в последний момент получил травму и был заменён.
С 2004 года игрок национальной сборной Швейцарии, участник двух Чемпионатов Европы, 2004 и 2008 года.