С 15 лет начал играть за команду Третьей лиги Эстонии «Нымме Калью», где за один сезон провёл 7 встреч и забил 14 голов. Два следующих сезона он провёл на том же уровне, выступая за «Лелле». С сезона 2000 года Линдпере был игроком «Флоры» — одного из грандов эстонского футбола. С «Флорой» он дважды становился чемпионом Эстонии (2002, 2003). В конце сезона 2001 года и начале сезона 2002 года Йоэль был в аренде у клуба Эсилииги «Валга», а в сезоне 2004/05 он был арендован софийским ЦСКА, с которым стал чемпионом Болгарии.
6 сентября 2006 года после поражения в 1/16 финала Кубка Эстонии от «Левадии» Линдпере напал на резервного арбитра той встречи с нецензурной бранью, после чего КДК ЭФА дисквалифицировала его до 15 октября, а руководство «Флоры» заявило о нежелании продолжать сотрудничество с футболистом.
Зимой 2007 года Линдпере был на просмотре у таких норвежских клубов, как «Бранн», «Фредрикстад» и «Хамаркамератене», а также был близок переходу в «Панетоликос» — клуб Гамма Этники (третья по силе лига Греции), но в итоге оказался в норвежском «Тромсё». Единственным достижением с этим клубом для Йоэля стало третье место в чемпионате Норвегии 2008 года.
Зимой 2010 года, когда у Линдпере закончился контракт с норвежским клубом, он пробовался в клубах-новичках Российской Премьер-Лиги «Анжи» и «Сибири», а также в клубе Второй немецкой Бундеслиги «Ганза», однако в итоге 26 января подписал двухлетний контракт с клубом MLS «Нью-Йорк Ред Буллс». Поначалу играя в центре защиты, Йоэль был вынужден перейти на позицию левого полузащитника после того, как в клуб пришли Тьерри Анри и Рафааэль Маркес. В сезоне 2010 года клуб остановился на стадии четвертьфинала плэй-офф, где по сумме двух матчей были биты «Сан-Хосе Эртквейкс» (1:0, 1:3), причём в первом матче единственный гол забил Линдпере.
Линдпере был членом юношеской и молодёжной сборных Эстонии. В основной сборной страны дебютировал 1 ноября 1999 года в Абу-Даби в товарещеском матче со сборной ОАЭ, заменив после перерыва Андреса Опера.
Как игрока «Флоры»:
Как игрока софийского ЦСКА:
Как игрока «Тромсё»: