Начав свою карьеру в «Лорьяне» (менеджером клуба был его отец Кристиан Гуркюфф), в 2001 году Йоанн подписал молодёжный контракт с «Ренном», впоследствии подписав профессиональный контракт.
В сезоне 2003/2004 он сыграл только 9 матчей. Следующие сезоны были более успешны, 16 голов в сезоне 2005/2006, а «Ренн» завершил сезон 7-ым и завоевал место в Кубке Интертото.
Летом 2006 года ведущие клубы Европы, такие, как «Валенсия», «Аякс» и «Арсенал», были заинтересованы в покупке игрока, но Гуркюфф выбрал «Милан», подписав контракт до 2011 года. Свою карьеру в этом клубе Йоанн начал голом в ворота АЕКа в матче Лиги Чемпионов. В июне 2008 года «Милан» отдал Гуркюффа в аренду во французский «Бордо», в составе которого стал лучшим игроком чемпионата Франции. Позже «Бордо» выкупил трансфер Йоанна за ?15 млн.
23 августа 2010 года «Лион» выкупил у «Бордо» трансфер футболиста за ?22 млн. 25 августа подписал с лионцами 5-летний контракт.
Гуркюфф также выступал за сборную Франции на юниорском и молодёжном уровне и был частью французской команды на победном юниорском (U-19) Чемпионате Европы 2005.