Йиржи Новотный воспитанник пражского футбола, начинал в молодёжной школе «Баника», после чего перешёл в «Спарту». В составе которой становился 14-кратным чемпионом Чехословакии и Чехии. В 2003 перешёл в стан дебютанта российской Премьер-лиги «Рубина», начал сезон великолепно, уже в первом круге забил 6 мячей, причём 4 их них были забиты головой. В феврале 2005 перешёл в «Мост». С 2008 играет за «Дуклу» из Праги.
С 1991 по 1994 играл в сборной Чехословакии, за которую провёл 12 матчей. С 1995 по 2002 играл за сборную независимой Чехии, с которой участвовал на ЧЕ-2000, всего провёл 21 игру и забил 2 мяча.
Новотный женат и у него есть ребенок.