Санданский вместе с Тодором Паницей был организатором убийств Михаила Даева, а позднее Бориса Сарафова и Ивана Гарванова.
В Первую Балканскую войну Яне Санданский организовал чету из 500 бойцов и 30 октября 1912 года освободил город Мелник.
Как авангард Седьмой пехотной рильской дивизии около 300 четников-кавалеристов Яне Санданского вошли в Салоники 8 ноября 1912 года.
Санданский был убит 21 апреля 1915 г. в Пирине, (местность Балтата) районной неврокопской четой ВМОРО от рук четника Андона Качаркова. Погребён около 200 м к востоку от Роженского монастыря. На надгробной мраморной плите высечены его слова: «Жить — значит — бороться. Раб — за свободу, а свободный — за совершенство.»
В честь Яне Санданского названы: