Ян Маккей родился 16 апреля 1962(19620416) в Вашингтоне, округ Колумбия, США. Его отец работал журналистом в газете «Вашингтон Пост» (Washington Post), освещая деятельность Белого дома, затем как обозреватель в области религии. Также он являлся активистом St. Stephen’s Episcopal Church.
В юношеском возрасте Маккей, как и многие его сверстники, увлекся рок-музыкой, а в конце 70-х он открыл для себя панк-рок. Его друг тех времен Генри Гарфилд, более известный как Генри Роллинз (англ. Henry Rollins), впоследствии также стал заметной фигурой в хардкор-музыке.
Брат Маккея, Алек (англ. Alec MacKaye), также играл в нескольких хардкор-группах.
Первую свою группу Маккей собрал летом 1979 года, в возрасте 17 лет. The Slinkees, так они назывались, успели дать всего один концерт, но, тем не менее, начало было положено. Следующая группа Маккея носила название The Teen Idles (1979—1980 гг.). Ян играл в этой группе на бас-гитаре.
В 1980 году Маккей и Джефф Нельсон (Jeff Nelson) (тоже экс-участник The Teen Idles) основали группу Minor Threat. Басистом стал Брайан Бейкер (Brian Baker), а гитаристом Лайл Преслар (Lyle Preslar), который, в свою очередь, до этого пел в группе Extorts. Находясь под влиянием другой вашингтонской команды, Bad Brains, Minor Threat стали играть ускоренный, агрессивный хардкор-панк. Настоящим гимном набирающего силу стрейт-эдж движения стала композиция с первого EP группы, которая так и называлась — «Straight Edge».
Также в период 1981—1982 гг. Маккей и Нельсон работали над проектом с двойным названием Skewbald/Grand Union, впрочем, он так и остался студийным. Minor Threat распались в 1983 году из-за разногласий между участниками коллектива.
В период 1983—1987 гг. Маккей успел поиграть во многих группах: Embrace (1985—1986), Egg Hunt (1986), Pailhead (1988). В последней группе принимал участие Эл Йоргенсен (Al Jourgensen) из группы Ministry.
В 1987 году Маккей основал группу Fugazi. Название группы — сленговая аббревиатура (Fucked Up, Got Ambushed, Zipped In), которую Маккей встретил в книге Марка Бейкера Nam (сборнике воспоминаний вьетнамских ветеранов). Звучание Fugazi можно определить как пост-хардкор, с элементами фанка и реггей.
В 2002 году было объявлено, что группа «уходит в отпуск», каковой продолжается и по сей день.
C 2005 года Маккей, после некоторого перерыва своей музыкальной деятельности, играет на гитаре в группе The Evens. Ещё один участник группы — Эми Фарина (Amy Farina), экс-The Warmers. На сегодняшний день группа выпустила два альбома — The Evens (2005) и Get Evens (2006).
Ещё в 1980 году Маккей и Нельсон основали независимый рекорд-лейбл Dischord Records, для выпуска записей своей тогдашней группы The Teen Idles. Со временем лейбл стал известным и уважаемым на всём восточном побережье США. На сегодняшний день на счету Dischord Records порядка полутора сотен релизов различных хардкор-групп — среди них Government Issue, Void, Scream, Fugazi, Artificial Peace, Rites of Spring, Gray Matter, Dag Nasty и другие. Политика лейбла до сих пор определяется идеологией DIY («do it yourself»), среди всего прочего отказ от выпуска музыкальных клипов, рекламных синглов, отказ от продаж футболок с логотипами групп, отказ от сотрудничества с мажорными лейблами ради коммерческой раскрутки групп.
Маккей снялся во многих документальных фильмах.