Учился в Болонье, увлекаясь, по-видимому, гуманистическим движением. Возвратясь в Польшу, был посвящен в священники. Когда в начале 1524 старший брат его, Иероним, отправился с дипломатическими поручениями во Францию, Ян поехал вместе с ним и завязал сношения с швейцарскими и французскими гуманистами и реформаторами. Несколько месяцев он прожил в Базеле у Эразма и купил его библиотеку, с условием, что она останется в распоряжении Эразма до самой его смерти. Через несколько лет мы встречаем Л. в Венгрии, где его брат Иероним воюет за интересы Запольи; от имени последнего Ян являлся послом к королю своему Сигизмунду I (1531). После смерти дяди он исполнял обязанности администратора гнезненского архиепископства. Предприняв в 1538 заграничное путешествие, он женился в Лувене, и это повело к открытому его разрыву с католической церковью.
В 1541 во время короткого пребывания в Кракове, на Л. нашла, по-видимому, минута душевной слабости, и он принес присягу перед примасом Гамратом, что не отступал от римско-католической веры. Уже в 1543 он стоит, однако, во главе всех протестантских церквей в Остфрисландии. Здесь ему предстояла трудная работа организации церкви, выработки вероучения и борьбы с разнообразными сектами. Он выполнил её удачно и проявил блестящие организаторские способности. В 1548 по приглашению Кранмера помогал ему реформировать английскую церковь. После тщетных попыток продолжать свою деятельность в Германии или Польше, Л. вернулся в Англию, где король Эдуард VI в 1550 назначил его суперинтендентом церквей всех иностранцев, предоставив им полную свободу по делам церковного управления. В Англии Л. женился во второй раз. Восшествие на престол Марии Кровавой заставило Л. опять начать жизнь скитальца, продолжавшуюся три года. Только в декабре 1556 удалось ему возвратиться в Польшу, куда его настойчиво звали протестантские паны и шляхта. Принадлежность Л. к знатному польскому роду открывала ему доступ к королю, на которого он имел некоторое влияние. Л. тотчас стал душой малопольской церкви; без его совета кальвинисты ничего не предпринимали. Все интриги католического духовенства, направленные к тому, чтобы добиться изгнания его из Польши, не привели ни к чему, так как оно было теперь почти бессильно. Л. вытеснил из Малой Польши влияние чешских братьев и пытался открыть доступ кальвинизму в Великую Польшу и устроить единение между ним и лютеранством. С этой целью он предпринял путешествие к герцогу Альбрехту в Кенигсберг, оставшееся без результата. Устройство, данное Л. малопольской церкви, удовлетворяло стремлениям и желаниям тогдашней шляхты: в управлении церковными делами было отведено много места участию светского элемента. Несмотря, однако, на весь авторитет Л., ему не удалось достигнуть единообразия в богослужении, обрядах и совершении таинств.