В 1843 году окончил лицей в Братиславе. В следующем году основал лицей, подобный братиславскому, в городе Левоча. Вскоре венгерские власти запретили преподавание в этом лицее, и Ян Францисци занялся частной преподавательской практикой. В 1847 году работал юристом в городе Прешов. В это же время начинается литературная деятельность Яна Францисци.
С началом революции 1848—1849 годов в Венгрии он — капитан национальной гвардии в Прешове. Один из ближайших соратников Л. Штура и Й. Гурбана. После окончания революции занимал ряд административных постов: секретаря комиссара в Зволене, комиссара в Дебрецене (1853), советника и члена венгерского наместничества в Буде (1859—1863).
Сыграл большую роль в возрождении национального самосознания словацкого народа. В 1861 году основал словацкий политический журнал «Пешт-будинские ведомости» (Pest?budinske vedomosti) и до конца 1862 года оставался его редактором. Был председателем на собрании словацкого народа в Мартине в 1861 году, на котором был принят «Меморандум словацкого народа». Ян Францисци — один из учредителей «Матицы словацкой» (1863).