Классическую филологию, германистику и историю в Гёттингене и Лейпциге. Cтепень кандидата наук он получил в 1875 году в Базеле, получение доцентуры в 1876 там же. Преподавал в Базельском университете, с 1879 года профессор греческого языка, преемник Фридриха Ницше. В 1902 году его позвали в Гёттингенский университет, но из-за первой мировой войны, он возвратился в Базель в 1915 году. Он вышел на пенсию в 1936 году, и умер 22 мая 1938 в Базеле.
Главная работа Ваккернагеля — Altindische Grammatik, всесторонняя грамматика Санскритского языка. Он также известен как открыватель «Закона Ваккернагеля».