Владимир Владимирович Маланин родился 30 августа 1942 года в селе Сылвенск Кунгурского района Пермской области.
В 1965 году с отличием закончил механико-математический факультет Пермского государственного университета (ПГУ). Затем поступил в аспирантуру и через 2 года защитил кандидатскую диссертацию. Работал на кафедре механики ПГУ в области сложных динамических (в том числе стохастических) систем. В 1976 и 1977 годах проходил научные стажировки в Сорбонне (Франция) и в 1999 году — в Оксфорде (Англия).
С 1983 года по 1987 год В. В. Маланин работал на должности проректора по научной работе Пермского государственного университета.
В 1987 году В. В. Маланин был избран коллективом университета на должность ректора (одним из первых в СССР и первым в РСФСР возглавил вуз таким путём) и затем четырежды (в 1992, 1997, 2002, 2007 годах) переизбирался на эту должность.
В 1996 году был избран председателем Совета ректоров вузов Пермской области, в 2007 году — председателем Совета ректоров вузов Пермского края. Является членом Совета Российского союза ректоров, членом президиума Евразийской ассоциации университетов, членом Президиума Пермского научного центра УрО РАН.
15 января 2010 года уволен с поста ректора ПГУ по собственному желанию и стал президентом ПГУ как исследовательского университета.
В. В. Маланин является автором более 380 научных работ, в том числе 5 монографий, 5 научных пособий для вузов и сборника задач.