Родился 02.03.1960 г. в Москве.
В 1984 окончил Одесскую консерваторию по классам фортепиано у профессора Л. Н. Гинзбург, ученицы Г. Г. Нейгауза и органа у доцента В. Л. Рубахи.
Студентом был приглашен в качестве солиста в Ансамбль старинной музыки Одесской филармонии. В 1986 изучал искусство органостроения у Г. Далманиса, главного органного мастера Домского концертного зала в Риге. В 1987 участвовал в монтаже органа Челябинского органного зала.
С этого же года работает солистом-органистом и органным мастером Челябинской филармонии. С 1992 является артистическим директором Челябинских органных фестивалей.
Один из основателей ассоциации «Новое органное движение». Ведет активную концертную деятельность, - свыше 50 концертов в год. Выступал с сольными концертами в большинстве органных залов бывшего СССР, а также в Германии, Швейцарии, Голландии, Дании и Финляндии. Работает в ансамблями с вокалистами, инструменталистами, хоровыми коллективами и оркестрами.
Дважды был участником Летней органной академии в Хаарлеме (Голландия), совершенствовался на многих мастер-классах у ведущих органистов Западной Европы: П. Кее, Х. Фогеля, Х. Фагиуса, Г. Бове, Л. Ломанна, Й. Лауквика, П. Планявски, К. Юссила и других.
Репертуар Владимира Хомякова обширен и разнообразен, помимо органной классики включает произведения современных авторов. Известны и популярны органные транскрипции Хомякова музыки русских композиторов, например «Ночь на Лысой горе» М. П. Мусоргского, «Наваждение» С. С. Прокофьева и др.
Участвует в концертах-экспериментах: выступал на Архангельском джазовом фестивале с квартетом В. Резицкого «Джаз архангел», в программах с валторнистом А. Шилклопером.
Указом Президента РФ Д.А.Медведева № 324 от 17.03.2010 «О награждении государственными наградами Российской Федерации» удостоен почетного звания «Народный артист Российской Федерации» «за большие заслуги в области искусства».