Родился в 1837 году в подмосковном селе Ховрино в семье потомков выходцев из Гамбурга, приехавших в Россию в конце XVIII века. Рано потерял родителей и воспитывался у родственников.
Среднее образование получил в Москве в приходском училище при евангелическо-лютеранской церкви Петра и Павла на Козьмодемьянской улице (ныне Старосадский переулок), затем — в частном пансионе Эннеса. В 1854 году поступил на историко-филологический факультет Московского университета. На вечере у своего учителя, П. Н. Кудрявцева, познакомился с Т. Н. Грановским. На втором курсе, увлёкшмсь лекциями Ф. И, Буслаева, Герье написал работу по произведениям собирателя фольклора Кирши Данилова, за которую получил первую золотую медаль. Вскоре он получил вторую золотую медаль за работу, заданную профессором П. М. Леонтьевым — «О роли волка и собаки в мифологии». Выбор пути — словесность или история — был сделан на третьем курсе, когда слушал лекции С. М. Соловьёва. Получил две золотые медали, Герье мог уже рассчитывать на звание кандидата и в 1858 году, уже окончив университетский курс был оставлен для приготовления к магистерскому экзамену. В это время он стал преподавать литературу и историю в первом московском кадетском корпусе. В 1862 году защитил магистерскую диссертацию: «Борьба за польский престол в 1733 г.» и был отправлен за границу, где пробыл три года (в Германии, Италии и Париже). Впоследствии он вспоминал:
Избранный в доценты по кафедре всеобщей истории, он начал преподавать в Московском университете с осени 1865 года; прочитанный им специальный курс лекций по историографии был опубликован в виде отдельной книги — «Очерк развития исторической науки». После смерти С. В. Ешевского занял кафедру всеобщей истории. Однако летом 1866 года он вновь уезжает за границу — в Вольфенбютель — знакомиться с письменным наследием Лейбница. В 1868 году им была защищена диссертация: «Лейбниц и его век», на степень доктора. Но защита диссертации не привела к избранию Герье профессором университета. Только осенью 1870 года Герье стал читать лекции в должности сверхштатного экстраординарного профессора, назначенного министерством.
В 1868 году Герье женился на племяннице Н. В. Станкевича — Евдокии Ивановне Токаревой, которую обучал ещё в 1860 году. Уже тогда он задумался об организации женского образования. Будучи преподавателем Московского университета он принимал экзамены у учениц, окончивших женские гимназии и желающих иметь возможность работы в качестве домашних учительниц. Вместе с изданием университетского устава 1863 года появился особый циркуляр Министерства народного просвещения, запрещавший «особам женского пола» посещение университетских лекций.
Своеобразным центром борьбы за высшее женское образование стал кружок феминисток, в который входили Е. И. Конради, А. П. Философова, М. В. Трубникова и Н. В. Стасова. В 1868 году по их инициативе было подано прошение ректору Петербургского университета, под которым подписалось свыше 400 девушек, с просьбой разрешить обучение в университете женщинам. Прошение поддержали 43 профессора.
Главную цель Герье видел не в приобретении профессии, а в просвещении женщин. Систему образования женщин он предлагал организовать по образцу женского лицея при Берлинском университете так, чтобы его курс непосредственно примыкал к курсу гимназий; однако по его мнению в учебный план «должны входить только предметы, составлявшие необходимые условия общего образования».
В 1872 году В. И. Герье подготовил экспериментальный Устав Женских курсов и министр народного просвещения граф Д. А. Толстой дал разрешение на их открытие в Москве. 1 октября 1872 года на Волхонке в здании Первой мужской гимназии состоялось торжественное открытие Московских высших женских курсов (курсы профессора В. И. Герье). Герье бессменно возглавлял их в первый период деятельности — 1872—1888 годы, а после возобновления их работы — в 1900—1905 годах. В 1905 году должность директора Курсов стала выборной и В. И. Герье, находившийся в то время за границей, не был избран.
Ещё в 1865 году Герье впервые прочёл специальный курс лекций по историографии «Очерк развития исторической науки». В своём курсе Герье обращался к проблеме понимания истории в различные периоды жизни человечества. Он указывал на то, что поскольку каждой эпохе свойственен особенный взгляд на историю, то каждая эпоха удовлетворялась различными ответами в поисках исторической истины. Герье возводил историю как науку к философии истории в её немецком варианте. Потерпев неудачу в таком её понимании, он впоследствии переписал свой труд, озаглавив его «Философия истории от Августина до Гегеля». В ней он отказался рассматривать исторические теории Конта и Спенсера, объснявшие всё многообразие исторических явлений каким-нибудь одним законом.
Важное значение для Герье имел его курс римской истории, который он построил не просто как фактологический, информационный, но специальный источниковедческий и историографический курс с элементами философии истории.
В курсе по истории Реформации Герье старался доказать один из тезисов своей концепции причинности в истории: зависимость исторического процесса от развития личности и её убеждений. В центр внимания он поставил вопрос о роли и значении католицизма в европейской истории. Он отмечал: что католицизм, по сравнению с ранним христианством, стал более материальным в своей идеологии; в раннехристианской Церкви не было существенного различия между мирянами и духовенством, а у Августина оно выходит на первый план и это было не желание отдельных личностей выдвинуться, а общественное настроение; идея теократии привела к рождению католицизма, как своеобразного религиозного учения о всемирной христианской империи. В своём курсе В. И. Герье показал зарождение, развитие и борьбу с этой идеей на протяжении длительного исторического периода.
Курс по истории Французской революции Герье впервые прочитал в 1869 году и через 35 лет он вылился в монографию «Идея народовластия и Французская революция». В курсе лекций «Новая история» (1892) он выделял XVIII век, как качественно новый этап всеобщей истории:
Господствующим правилом, по его мнению, стал принцип равенства, реализация которого потребовала политического прогресса, то есть усовершенствования государственной жизни посредством реформ, что вызвало появление принципов гуманизма и космополитизма. Герье указывал ещё на одну характерную идею XVIII века — принцип народовластия. В своих лекциях Герье попытался ответить на вопрос о том, почему французская монархия в сложившихся условиях не смогла стать монархией просветительской. Французскую революцию он представил как одну из возможных форм движения; на примере других стран (Австрия, Португалия, Испания) он показал существование альтернативных возможностей организации отношений между обществом и властью.
История становления семинара Герье была длительной. Первоначально возник семинар, подобный ранее проводившемуся профессором П. М. Леонтьевым, для студентов старших курсов; затем Герье разделил свой семинар на несколько потоков. До Герье семинарские занятия служили для контроля за занятиями студентов, Герье сделал их своеобразной научной лабораторией, в которой происходило обучение исследовательским навыкам работы с источниками. Они уже не носили общепросветительского характера и поэтому Герье был против введения семинаров на Высших женских курсах.
В 1893 году один из специальных семинаров Герье преобразился в «Историческое общество при Московском университете». Председателем его был Герье; среди членов: В. О. Ключевский, М. С. Соловьев, М. С. Корелин, С. Н. Трубецкой.
Н. И. Кареев так оценивал вклад Герье в науку:
Герье всегда был сторонником конституционной монархии. И студенческие беспорядки всегда воспринимал настороженно. Однако он был сторонником увещевательных мер, а не крутых административных форм наказания.
В декабре 1894 года он заступился за студентов, изгнанных из университета за обструкцию, устроенную В. О. Ключевскому за его брошюру, посвящённую Александру III. Позиция Герье вызвала недовольство руководства университета; возникла конфронтация между сторонниками строгой системы наказания с ректором П. А. Некрасовым во главе, и либеральной профессурой, которую представлял В. И. Герье
В ходе студенческих волнений 1901—1902 годов, когда в политическом словаре студентов появилось слово забастовка, Герье по-прежнему придерживался увещательной позиции. Герье считал, что студенческое движение имело характер внутриуниверситетского конфликта, и внимание внеуниверситетских властей лишь укрепляло студентов во мнении, что они являются мощным центром общественных инициатив.
В 1902 году В. И. Герье был избран членом-корреспондентом Академии наук. В честь пятидесятилетия научной и педагогической деятельности он получил высочайший рескрипт, подписанный собственноручно Николаем II, и был награжден орденом Святой Анны первой степени.
В декабре 1904 года, когда трое гласных Московской городской думы (В. И. Герье, Н. А. Найдёнов и И. А. Лебедев) отказались подписывать постановление, требовавшее демократических свобод, студенты устроили своему профессору обструкцию. Коллега Герье, харьковский профессор В. П. Бузескул, писал:
С 1876 года Герье — гласный (в 1892—1904 — председатель) Московской городской думы и губернского земского собрания; в 1876—1906 годах — председатель комиссии «О пользах и нуждах общественных», занимавшейся делами попечительства и другими вопросами. Организатор участковых попечительств о бедных, первых в России «Домов трудолюбия». С 1906 года — член государственного совета по назначению. В 1906 году он вступил в Союз 17 октября. Активно поддерживал аграрную политику министра внутренних дел и председателя Совета министров П. А. Столыпина. Участвовал в организации выборов в 1-ю, 2-ю и 3-ю Государственные думы.
Он никогда не был активным политиком. Столкнувшись с событиями, аналогичными событиям Французской революции, которой он уделял в своих исследованиях значительное место, он пришёл к выводу, что освещение, данное Тэном французской революции, имеет в настоящее время и для русских читателей тот интерес, что освещает событий в России 1905 года.
В предисловии к работе «Французская Революция 1789—95 года в освещении И. Тэна» (1911) он указывал:
Семья Герье жила в Гагаринском переулке в деревянном доме, который
Здесь проходили домашние семинары учеников Герье.
Похоронен на Пятницком кладбище в Москве в одной ограде с Т. Грановским.
Из журнальных статей Герье особенно выдаются статьи:
Герье обладал способностью различать среди студентов наиболее талантливых и способных к науке юношей. Все оставленные им при университете талантливые студенты, оправдали доверие учителя и даже превзошли своего наставника. Он поощрял самостоятельность суждений, но был очень строг со своими учениками — теми, кто под его руководством готовился к получению профессорского звания. Герье всегда (и на семинарах, проходивших в его доме) оставался представителем университета и даже личное общение с Герье было для его учеников столь же обязательно, как посещение лекций и сдача экзаменов.
Первым учеником Герье, защитившим магистерскую диссертацию стал Н. И. Кареев. Выбрав славяно-русское отделение факультета Кареев под влиянием лекций Герье на четвёртом курсе перешёл на историческое отделение. Имея со своим студентом полное мировоззренческое непонимание, Герье, тем не менее, предложил ему своё руководство в подготовке к магистерскому экзамену. Впоследствии, между профессорами двух столичных университетов, петербургского и московского, завязалось многолетнее сотрудничество. Благодаря Карееву для написания статей в словарь Брокгауза и Ефрона был привлечён и В. И. Герье: он написал статьи о Я. Гусе, Ш. Монтескье, Ж.-Ж. Руссо, И. Тэне и др.
В 1880 году магистерскую диссертацию защитил П. Г. Виноградов. Видя в нём своего наиболее последовательного преемника, Герье много участвовал в его назначении университетским преподавателем и П. Г. Виноградов сохранил форму особых, личных отношений своего учителя с учениками, возведя его в свой собственный принцип.
Наиболее близким по мировоззрению учеником В. И. Герье был М. С. Корелин. По ходатайству учителя Совет Университета назначил Корелину стипендию Министерства народного просвещения. Корелин стал полным единомышленником Герье; он писал своему учителю:
Герье и Корелин были не очень популярными профессорами, однако никогда не изменяли своему направлению, сетуя на историческую моду и популярность схематизаторов истории.
С другим учеником — Р. Ю. Виппером — у Герье сложились непростые отношения. Талантливый ученик за магистерскую диссертацию, тему которой выбрал Герье, получил степень доктора, минуя степень магистра. Кроме того, по ходатайству своего учителя, Виппер получ