Владимир Бекаури родился в семье дворянина?однодворца, то есть крестьянина имевшего грамоту о дворянстве, в селе Али (по некоторым сведениям в селе Китохи) в 90 километрах от Тбилиси. В 1905 году закончил Михайловское техническое железнодорожное училище в Тифлисе. С 1907 года жил в Санкт-Петербурге, занимался конструированием и изготовлением металлических сейфов. Автор нескольких изобретений в области телеграфии и железнодорожного транспорта.
В конце 1920 года В. И. Бекаури вместе с академиком В. Н. Ипатьевым организовал Экспериментальную мастерскую по новейшим изобретениям (Эксмани) при Государственном научно-техническом институте.
Когда в 1921 году по указанию правительства было организовано Остехбюро — Особое техническое бюро при ВСНХ РСФСР — Бекаури был назначен его начальником.
Под его руководством Остехбюро стало крупнейшим центром по разработке направлений имевших важное оборонное значение. Он курировал и лично участвовал в различных проектах бюро: минно-торпедного оружия, систем телеуправления, радиоуправляемых мин и т. д.
В 1937 году арестован и 8 февраля 1938 года расстрелян по обвинению в шпионаже в пользу Германии. Определением Верховного Суда СССР от 9 июня 1956 года реабилитирован.