Родился в рабочей польской семье, сам работал слесарем-машинистом. Получил высшее гражданское и военное образование. Окончил рабочий факультет (1922) и экономический институт (1926), вторую Тифлисскую пехотную школу, Высшие стрелково-тактические курсы усовершенствования командного состава РККА, Военную академию имени М. В. Фрунзе (1937).
Участвовал в гражданской и советско-польской войнах, был несколько раз ранен. В 1922 воевал против повстанцев в Дагестане, в 1924 участвовал в подавлении восстания в Грузии.
В плену заявил о своём желании сотрудничать с немецкими властями. Содержался в Особом лагере под Винницей, 3 августа 1942 вместе с генералом Андреем Власовым подписал обращение к германскому командованию с призывом о формировании Русской освободительной армии. В том же месяце был освобождён из лагеря и 1 сентября 1942 назначен командиром Русской национальной народной армии (РННА), созданной в качестве эксперимента и расквартированной в поселке Осинторф между Смоленском и Оршей. Работу по созданию РННА курировал абвер, к октябрю 1942 в этой воинской части насчитывалось около восьми тысяч человек, однако тогда же немецкое командование приняло решение о её разделении на батальоны, которые должны были использоваться вермахтом по отдельности. Баерский выступил против этого решения, был арестован, но вскоре освобождён и назначен офицером по руководству и обучению Восточных добровольческих войск при штабе 16-й армии. В этом качестве вновь конфликтовал с немецким начальством и был уволен.
С лета 1943 инспектировал добровольческие восточные русские батальоны, находясь под началом генерала Власова. Принимал активное участие в создании вооружённых сил «власовского» Комитета освобождения народов России (ВС КОНР) и выработке политической программы КОНР. В январе — мае 1945 — заместитель начальника штаба ВС КОНР генерала Фёдора Трухина, под руководством которого находился весной 1945 в составе Южной группы ВС КОНР.
5 мая 1945 выехал по приказу Трухина в район Праги для установления связи с наиболее боеспособной воинской частью КОНР — первой дивизией генерала Сергея Буняченко. В городе Пршибраме был захвачен чешскими партизанами, которыми командовал советский капитан Смирнов. Вступил в перепалку со Смирновым, дал ему пощёчину и сразу же был повешен.