Жизнь и деятельность Владимира Макогонова связана в основном с Баку. В чемпионате города 1923 он разделил 1-2 места с братом Михаилом, затем ещё несколько раз выигрывал этот турнир. Пять раз (в 1947—1952) становился чемпионом Азербайджанской ССР.
Шахматный теоретик, автор дебютных разработок в ферзевом гамбите, защите Грюнфельда, староиндийской защите. Занимался тренерской деятельностью: работал с Василием Смысловым при подготовке к матчу на первенство мира 1957, тренировал Владимира Багирова, некоторое время работал с юным Гарри Каспаровым.
Мастер спорта СССР с 1927, международный мастер с 1950, звание международного гроссмейстера присвоено в 1987 за прежние достижения. Заслуженный мастер спорта СССР (1943).