В 1966—1967 годах учился на французском отделении филологического факультета Ленинградского государственного университета. В 1967 году закончил Высшие курсы иностранных языков. Впоследствии работал учителем французского языка, русского языка и литературы в Московской школе № 2. Руководил Театральной студией, где и осуществлял свои первые режиссёрские опыты, в частности поставил спектакль «За ваш счёт» по пьесе Людвига Ашкенази. В 1972 году заочно окончил режиссёрский факультет Ленинградского государственного института театра, музыки и кинематографии, а в 1975 году — студию драматургов Арбузова и Алешина.
В 1973 году создал любительскую киностудию «Литфильм», где и сделал свои первые фильмы. Работал учителем словесности и одновременно начал писать пьесы, ставить их в театре. Первые свои картины («Сад», «Комитас», «Комната смеха») в семидесятых годах снимал вне государственной монополии, на собственные средства.
По приглашению Александра Хмелика, главного редактора киножурнала «Ералаш», начал работать в журнале как автор и режиссёр. Там же родились Петров и Васечкин, о приключениях которых режиссёр впоследствии снял свои знаменитые музыкальные фильмы. После ряда телевизионных картин Аленикову удалось сделать фильм, который в корне изменил его судьбу — мюзикл «Биндюжник и Король», благодаря которому в 1990 году его пригласили в Голливуд. Там он снял «Время тьмы» с Джорджем Сигалом и Тамарой Тана в главных ролях (в российском прокате «Феофания, рисующая смерть»).
Алеников работает и в России, и в Америке, пробует себя в разных жанрах. Его драматический триллер «Пистолет (с 6 до 7.30 вечера)» получил ряд престижных призов, в том числе представлял США в конкурсе Монреальского Всемирного кинофестиваля в 2003 году. Последние российские картины — лирическая комедия «Улыбка Бога, или Чисто одесская история» и короткометражная драма «Полёт бабочки».
Кроме этого Алеников постоянно работает как писатель, пишет в самых разных жанрах, и для взрослых, и для детей. Последние книги — роман о войне «Звезда упала» и книга для молодых режиссёров «Свой почерк в режиссуре».
Художественный руководитель Центральной Российской киностудии документальных фильмов (с 2009 г. по настоящее время); член правления американской кинокомпании «Front Line Films» (c 2003 г. по настоящее время); советник по культуре Благотворительного фонда в поддержку идей гуманизма (Фонд Горбачёва), Москва, (2001—2004 гг.); секретарь Союза кинематографистов России (1998—2000 гг.); председатель Комитета по детскому и юношескому кино Союза кинематографистов России (1998—2000 гг.); президент кинокомпании «Аквилон» (Москва, с 1990 г. по 1999 г.), выпустившей целый ряд фильмов, телесериалов и телепрограмм; президент Регионального общественного фонда поддержки кинематографии «Открытое кино» (Москва, с 1999 г. по 2002 г.); президент американской кинокомпании «Dream Factory Entertainment» (Лос-Анджелес, с 1992 г. по настоящее время).
Член Международной писательской организации ПЕН-Клуб; академик Национальной Академии кинематографических искусств «Ника»; академик Российской Академии кинематографических наук и искусств «Золотой Орёл»; академик Российской Академии короткометражного кино «Арткино»; член Гильдии кинорежиссёров России; член Гильдии киносценаристов России; призёр международных и всероссийских кинофестивалей; лауреат премии Министерства культуры России (российско-американский спектакль-мюзикл «Дитя мира»); член Американской Ассоциации профессоров кинофакультетов (UFVA); президент Санкт-Петербургского международного кинотеатрального фестиваля «Terra incognita»; вице-президент Международного благотворительного фонда «Bright Future International» («BFI»).
Мастер курсов «Свой почерк в режиссуре», «Работа с актёрами», «Особенности жанрового кино», «Пошаговая инструкция как снять короткометражный фильм» в киноклубе «Арткино», Москва, (с 2010 г. по настоящее время); мастер-классы и лекции в киношколах и университетах Лос-Анджелеса, Санта-Барбары, Ирвайна, Малибу, Лондона, Рима, Москвы, Санкт-Петербурга, Таллина (Балтийская киношкола) (1993—2009 гг.); профессор кинорежиссуры Лос-Анджелесского университета /UCLA/ (1993—1995, и с 2002 г. — по 2007 г.); мастер курса кинорежиссуры кинофакультета Гуманитарного Университета Натальи Нестеровой (Москва, 1996—1999 гг.); инструктор Международной актёрской школы (1995—1996, Голливуд);
Председатель международного жюри конкурса детских и юношеских фильмов VI Международного кинофестиваля семейных и детских фильмов «В кругу семьи» в Екатеринбурге, 2011; председатель международного жюри Ш Международного Санкт-Петербургского театрального фестиваля «Terra Incognita»; член жюри Ш Всероссийского кинофестиваля авторского короткометражного кино «Арткино», 2010 г.; член международного жюри VII Международного кинофестиваля «Золотой абрикос» в Ереване, 2010 г.; председатель международного жюри III Международного кинофестиваля семейных и детских фильмов «В кругу семьи» в Новосибирске, 2008 г.; председатель международного жюри XVI Международного кинофестиваля в Исфахане, Иран, 2001 г.;
Автор пьес, автор текстов песен и режиссёр-постановщик ряда театральных мюзиклов и спектаклей, среди которых: «За ваш счёт», премьера в Москве, (Театральная Студия Второй школы) 1972 г.; «Местные», (Молодёжный театр-студия ЗИЛа), премьера в Москве, 1973 г.; «История Великого государства Швамбранского», Красноярский ТЮЗ, 1974 г.; «Моё сердце плачет по Франции», антреприза В.Аленикова, премьера в Доме Актёра в Москве, 1975 г.; «К нам едет хулиган», (автор), мюзикл, премьера в Одесском ТЮЗе, 1984 г.; «Приключения шевалье Д’Артаньяна», спектакль с людьми и куклами, премьера в Минске, в Государственном Театре Лялек, 1984 г.; «Дитя мира» (пьеса с Д.Уолкомбом), советско-американский мюзикл, премьера в Москве, в Центральном Детском театре, 1985 г., в Вашингтоне на Открытии Генеральной Ассамблеи ООН, 1986 г., почётные дипломы пяти американских городов, премия Министерства культуры СССР; «Белый Мерседес», Театр-кабаре Владимира Аленикова, мюзикл, премьера в Лос-Анджелесе, 1993 г.; «Поиски любви», Антреприза Владимира Аленикова, премьера в Москве в Театре Эстрады, 1999 г., гастроли в Сибири, на дальнем Востоке; «Безумный корабль» (пьеса с Нэтэли Пелевайн), премьера в Лондоне, 2006 г.
Автор десятков статей и очерков в российской и американской периодике; автор трёх книг художественных поэтических переводов с эстонского; участник восьми сборников поэтических переводов (с испанского и французского);
Автор книг: роман «Моника или Возвращение мёртвого мотоциклиста», издательство «ЗиС», Москва, 1997 г.; книга «Приключения Петрова и Васечкина, обыкновенные и невероятные» — издательство «ЗиС», Москва, 1998 г.; книга переиздана издательством «Терра», Москва, 2001 г.: книга переиздана издательством «Стрекоза-Пресс», Москва, 2006 г.; книга дополнена и переиздана изд-вом «Эгмонт», Москва, 2007 г.; роман «Поиски любви» — издательство «Столица-Принт», Москва. 2003 г.; «Чучело-мяучело» — истории для детей, серия «Любимые герои», издательство «Стрекоза-Пресс», Москва, 2004 г.; дилогия: романы «Поиски любви. Первая книга» и «Поиски любви. Вторая книга» — издательство «Столица-Принт», Москва, 2005 г.; роман «Ублюдки» — издательство «Лимбус-Пресс», Санкт-Петербург, 2005 г.; «Классиков надо беречь или Короткие истории про Петрова и Васечкина» — юмористические рассказы для школьников — изд-во «Эгмонт», Москва, 2007 г.; роман «Звезда упала» — издательство «Астрель, АСТ», Москва, 2010 г.; книга «Свой почерк в режиссуре» — издательство «Мир искусства», Москва, 2011 г.
Сюжеты в киножурнале «Ералаш» (1975—1981 гг.) — главные призы на МКФ в Москве, Таллине, Киеве и пр.;