Виталий Михайлович Зубарь родился 5 февраля 1950 года в Харькове в интеллигентной семье педагогов. Отец, Михаил Иванович Зубарь, долгие годы преподавал на должности доцента в Харьковском институте культуры. Археологией Виталий Михайлович заинтересовался ещё в школьные годы, во время каникул брал активное участие в раскопках Боспорской экспедиции В. Ф. Гайдукевича, а в период студенческих каникул — Херсонеса. В 1972 г. с отличием закончил исторический факультет Харьковского государственного университета. Дипломную работу писал у доцента В. И. Кадеева о херсонесском некрополе первых веков н. э. После окончания университета работал заведующим отдела археологии Харьковского исторического музея. С 1973 по 1976 гг. аспирант Института археологии АН УССР, где его научным руководителем стал профессор А. И. Тереножкин. С 1976 г. работал в отделе античной археологии Института археологии АН УССР в должности младшего научного сотрудника, с 1983 г. — старшего научного сотрудника, а с 1993 до 2009 г. — ведущего научного сотрудника. В 1978 г. защитил кандидатскую диссертацию на тему «Некрополь Херсонеса Таврического I—IV вв. н. э.», а в 1991 г. — диссертацию на соискание ученой степени доктора исторических наук на тему «Херсонес Таврический и Римская империя». По материалам кандидатской диссертации Виталием Михайловичем была написана монография, которая до сих пор не утратила своей актуальности и является первой попыткой представить пространственную организацию некрополя Херсонеса Таврического первых веков н. э. В 1990 г. ему присвоено очередное ученое звание старшего научного сотрудника Института археологии АН УССР. В 1976—1980 гг. В. М. Зубарь принимал участие в работе новостроечных археологических экспедиций Института археологии АН УССР на юге Украины, а в 1975, 1980—1989, 1999 гг. руководил раскопками некрополя Херсонеса Таврического первых веков н. э. и разведками в Юго-Западном Крыму. Позднее в составе объединенной экспедиции несколько лет принимал участие в раскопках римской цитадели Херсонеса. С 1988 г. В. М. Зубарь являлся ответственным секретарем журнала «Археологія», который издает Институт археологии НАН Украины. С 1998 г., помимо научной работы, В. М. Зубарь по совместительству занимался преподавательской деятельностью. Работал на должности профессора магистерской программы «Археология и древняя история Украины» в Университете «Киево-Могилянская академия», где читал несколько учебных курсов, посвященных античной истории по археологии Северного Причерноморья и методике научной работы. 20 марта 2009 года Виталий Михайлович Зубарь скончался из-за болезни сердца в возрасте 59 лет в г. Киеве.
После окончания Харьковского университета В. М. Зубарь работал заведующим отдела археологии Харьковского исторического музея, но уже в 1973 г. поступил в аспирантуру отдела античной археологии Института археологии АН УССР в г. Киеве, где его научным руководителем становится профессор А. И. Тереножкин. В 1975 г. появляется его первая научная публикация «Некрополь у Загородного храма в Херсонесе», написанная в соавторстве с профессором Харьковского университета В. Ф. Мещеряковым. С 1976 г. Виталий Михайлович работает в отделе античной археологии Института археологии АН УССР на должности младшего научного сотрудника. В 1978 г. блестяще защищает кандидатскую диссертацию на тему «Некрополь Херсонес Херсонеса Таврического I—IV вв. н. э.». Позднее по материалам диссертации им была написана монография, которая остаётся до сих пор актуальной и ценна тем, что является первой попыткой представить пространственную организацию некрополя Херсонеса Таврического первых веков н. э. В 1976—1980 гг. В. М. Зубарь принимал активное участие в работе новостроечных археологических экспедиций Института археологии АН УССР на юге Украины, а в 1975, 1980—1989, 1999 гг. руководил раскопками некрополя Херсонеса Таврического первых веков н. э. и разведками в Юго-Западном Крыму. Позднее в составе объединенной экспедиции несколько лет принимал участие в раскопках римской цитадели Херсонеса. С 1983 г. Виталий Михайлович — старший научный сотрудник Института археологии АН УССР. Докторская диссертация на тему «Херсонес и Римская империя» была защищена В. М. Зубарем в совете Института археологии в 1991 г. невзирая на отрицательное выступление В. И. Кадеева, его бывшего научного руководителя и члена совета при защите. Диссертация охватывала все возможные источники и охватывала целиком развитие Херсонеса Таврического от момента создания и до поздней античности. Об проделанной работе может свидетельствовать монография В. М. Зубаря «Херсонес Таврический в античную эпоху», вышедшая в 1993 г. в Киеве. Она охватила часть докторской диссертации и касалась изучения аграрных отношений, обмена и торговли, форм эксплуатации и социальной структуры, а также основных тенденций и особенностей социально-экономического развития античного центра с конца V в. до н. э. — до V в. н. э. С 1988 г. Виталий Михайлович являлся ответственным секретарем журнала «Археологія», который и по сей день издает Институт археологии НАН Украины. Свою преподавательскую деятельность В. М. Зубарь начал в 1998 г. Киевском национальном университете культуры, а через два года он занял должность профессора магистерской программы «Археология и древняя история Украины» в Национальном университете «Киево-Могилянская академия», где читал несколько учебных курсов, посвященных античной истории и археологии Северного Причерноморья и методике научной работы.
Научные интересы В. М. Зубаря были сосредоточены в области изучения истории и культуры античных государств Северного Причерноморья. Особое внимание В. М. Зубарь уделял разработке вопросов социально-экономического развития Херсонеса, этнического состава населения этого города, отношениям с Римской империей, вопросов, связанных с римским военным присутствием в Таврике, а также проблемами религиозного синкретизма, проникновения и распространения христианства на рубеже античности и средневековья. По этим вопросам им были изданы серии монографических исследований и статей. В. М. Зубарь — автор и редактор двух первых томов академического четырёхтомного издания, посвященных истории и культуре Херсонеса Таврического (Харьков, 2004; Киев, 2005 гг.), а также соавтор курса лекций "Археологія України (Киев, 2005 г.) и монографий по истории и социально-экономической истории Боспорского царства и античных центров Северо-Западного Причерноморья. Автор и соавтор 35 научных и научно-популярных монографий, а также более 350 статей, разделов в коллективных трудах и публикациях.