Родился 11 (24) апреля 1908 г. в Москве в семье больничного истопника Семёна Семёновича и прачки Ефросиньи Петровны Абакумовых.
Окончил 4-классное городское училище. В 1920—1921 годах — рабочий на заводах Москвы. В 1921—1923 годах служил добровольцем-санитаром во 2-й Московской бригаде частей особого назначения (ЧОН). С 1924 — рабочий, в 1925—1927 — упаковщик Московского союза промысловой кооперации, в 1927—1928 стрелок 1-го отряда военно-промышленной охраны ВСНХ СССР, в 1928—30 — упаковщик складов Центросоюза.
В 1930 г. вступил в ВКП(б). В январе-сентябре 1930 г. Абакумов был заместителем начальника административного отдела торгово-посылочной конторы Наркомата торговли РСФСР, а в 1932 г. перешёл на комсомольскую работу и был назначен секретарём ячейки ВЛКСМ на штамповочном заводе «Пресс». Кроме этого, в 1931—1932 гг. Абакумов был заведующим военным отделом Замоскворецкого райкома комсомола.
Член ВКП(б) с 1930 года.
В 1930 — заместитель начальника административного отдела торгово-посылочной конторы Наркомата торговли РСФСР и секретарь ячейки ВЛКСМ. В 1931—1932 — заведующий военным отделом Замоскворецкого райкома комсомола.
В органах ОГПУ—НКВД с января 1932 г.: практикант экономического отдела полномочного представителя ОГПУ по Московской области, уполномоченный экономического отдела полномочного представителя ОГПУ по Московской области. С 1933 г. уполномоченный экономического управления ОГПУ, затем экономического отдела ГУГБ НКВД. Но в 1934 г. было выявлено, что Абакумов на конспиративных квартирах встречался с различными женщинами. В связи с этим он был переведён в Главное управление исправительно-трудовых лагерей и трудовых поселений (ГУЛАГ). В 1934—1937 гг. — оперативный уполномоченный 3-го отделения Оперативного отдела ГУЛАГа. В 1937—1938 гг. — оперуполномоченный 4-го (секретно-политического) отдела ГУГБ НКВД, заместитель начальника отделения 4-го отдела 1-го управления НКВД, начальник отделения 2-го отдела ГУГБ НКВД.
После прихода в НКВД Л. П. Берии, с декабря 1938 года — и. о. начальника, а после утверждения в должности с 27 апреля 1939 г. по 1941 — начальник управления НКВД по Ростовской области. Руководил организацией массовых репрессий в Ростовской области. При этом Абакумов, обладая большой физической силой, иногда лично жестоко избивал подследственных.
В 1941—1943 гг. — заместитель наркома внутренних дел СССР (с февраля 1941) и начальник Управления Особых отделов НКВД СССР, которое впоследствии (с июля 1941) было преобразовано в СМЕРШ. С апреля 1943 г. — начальник Главного управления контрразведки «СМЕРШ» и заместитель народного комиссара обороны.
В 1944 году Абакумов участвовал в осуществлении депортации некоторых народов Северного Кавказа. За это он был награждён 2 орденами — Красного Знамени и Кутузова. А в январе-июле 1945, оставаясь руководителем СМЕРШ, был одновременно уполномоченным НКВД по 3-му Белорусскому фронту.
С марта 1946 г. — заместитель, c 7 мая 1946 по 14 июля 1951 гг. — министр государственной безопасности СССР.
В 1945 присвоено звание генерал-полковника. Депутат Верховного Совета СССР 2-го созыва.
В 1946 Абакумов сфабриковал материалы, на основании которых были арестованы и осуждены нарком авиационной промышленности А. И. Шахурин, командующий ВВС А. А. Новиков, главный инженер ВВС А. К. Репин и ряд других генералов (осуждённые обвинялись в должностных преступлениях, инкриминировались выпуск и приёмка некачественных самолётов).
В июне 1946 года Виктор Семёнович Абакумов был назначен министром госбезопасности СССР вместо В. Н. Меркулова. При этом СМЕРШ, в котором до этого служил Абакумов, вошёл в министерство в качестве 3-го Управления. На посту министра госбезопасности руководил политическими репрессиями. Под руководством Абакумова было сфабриковано Ленинградское дело и положено начало фабрикации дела ЕАК.
19 февраля 1951 года Абакумов направил Сталину совершенно секретную докладную записку «О необходимости выселения из западных областей Украины и Белоруссии, Молдавской, Латвийской, Литовской и Эстонской ССР участников антисоветской секты иеговистов и членов их семей». Результатом этой записки стала организованная МГБ и МВД операция «Север» по выселению Свидетелей Иеговы, а также представителей других религиозных объединений (адвентистов-реформистов, иннокентьевцев, Истинно-Православной церкви); операция началась 1 апреля 1951 года. Депортация уложилась в сутки.
С 31.12.1950 по 14.07.1951 Председатель коллегии МГБ СССР. В 1946—1951 был также членом Комиссии Политбюро ЦК ВКП(б) по судебным делам. За время пребывания на посту министра госбезопасности Абакумов существенно повысил возможности и силы МГБ.
Большой жизнелюб, Абакумов любил фокстрот, футбол и шашлыки. Носил тщательно подогнанную форму и модные костюмы, занимался теннисом, был мастером спорта по самбо.
12 июля 1951 арестован, обвинялся в государственной измене, сионистском заговоре в МГБ, в попытках воспрепятствовать разработке дела врачей. Причиной ареста послужил донос Сталину от начальника следственной части по особо важным делам МГБ СССР подполковника М. Д. Рюмина. В доносе Абакумов обвинялся в различных преступлениях, главным образом в том, что он тормозил расследование дел о группе врачей и молодёжной еврейской организации, якобы готовивших покушения против вождей страны. По некоторым данным, ход доносу дал Г. М. Маленков. Политбюро ЦК КПСС признало донос М. Д. Рюмина объективным, постановило снять Абакумова с должности и передать его дело в суд. Бывший министр был заключён в Лефортовскую тюрьму. По мнению историков, обвинения, выдвинутые против Абакумова, были явно надуманными.
После смерти Сталина и прихода к власти Хрущёва обвинения против Абакумова были изменены; ему вменялось в вину «Ленинградское дело», сфабрикованное им, согласно новой официальной версии, как участником «банды Берии». Бывший следователь МГБ СССР Николай Месяцев вспоминает, что Сталин подозревал Берию в покровительстве Абакумову. После пыток и избиений в тюрьме стал инвалидом.
Предан закрытому суду (с участием ленинградских партийных работников) в Ленинграде, на котором виновным себя не признал, и расстрелян 19 декабря 1954 в Левашовском лесу особого назначения. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 14 ноября 1955 года лишён всех наград и воинского звания.
Павел Судоплатов об Абакумове (из книги «Спецоперации»):
В 1997 Военной коллегией Верховного суда Абакумов был частично реабилитирован: с него снято обвинение в измене Родине, а приговор был заменён 25 годами заключения без конфискации имущества и переквалифицирован по статье «воинско-должностные преступления».
В соответствии с приговором суда Указом Президиума Верховного Совета СССР в 1955 году лишён всех государственных наград. Вместе с Абакумовым по процессу проходили начальник следственной части по особо важным делам МГБ СССР А.Г. Леонов, его заместители В.И. Комаров и М.Т. Лихачев, следователи И.Я. Чернов и Я.М. Бровеман, первые трое были расстреляны, Чернов приговорен к 15 годам, Бровеман - к 25 годам. В 1994 приговор был заменен 25 годами без конфискации имущества и переквалифицирован по статье "воинско-должностные преступления".
Использованы материалы из кн.: Залесский К.А. Империя Сталина. Биографический энциклопедический словарь. Москва, Вече, 2000
Как руководитель СМЕРШа Виктор Абакумов фигурирует в романе В. О. Богомолова «Момент истины» («В августе сорок четвёртого»). Однако его фамилия не упоминается: он «генерал-полковник» и «руководитель военной контрразведки».
Как министр госбезопасности Виктор Абакумов фигурирует в романах «В круге первом», «Архипелаг ГУЛАГ» А. И. Солженицына; «Отчаяние» Ю. С. Семёнова, «Евангелие от палача» братьев Вайнеров, «Прах и пепел» А. Н. Рыбакова, «Тайный советник вождя» В. Д. Успенского.
В 2009 году Абакумов появился в качестве одного из основных персонажей в серии полуфантастических книг Кирилла Бенедиктова «Блокада» (входящих в проект «Этногенез» издательства «Популярная литература»).
Абакумов, как начальник тюрьмы НКВД на Лубянке, описан в книге Виктории Фёдоровой "Дочь адмирала". Производил с 27-го на 28-ое декабря 1946 года первый допрос знаменитой советской актрисы - Зои Алексеевны Фёдоровой по сфабрикованному обвинению в государственной измене.