В 1966 году после окончания школы Пугачёв поступает в Ейское высшее военное авиационное училище летчиков имени Комарова. Окончив его, был оставлен в училище лётчиком-инструктором. Обучал курсантов на самолётах Су-7у и Су-7б, подготовил 23 летчика-истребителя.
В октябре 1976 года Пугачев успешно проходит отбор и зачисляется в Школу летчиков-испытателей Министерства авиационной промышленности СССР.
В декабре 1978 года по окончании школы его направляют на должность летчика-испытателя третьего класса в Лётно-исследовательский институт имени М. М. Громова.
В качестве второго пилота и командира корабля ему довелось летать на самолетах МиГ-21, МиГ-23, МиГ-25, МиГ-31.
К 1980 году Пугачев становится лётчиком-испытателем второго класса. В октябре того же года он принял предложение перейти в ОКБ имени Сухого, где продолжает трудиться по настоящее время.
В 1982 году, после года активных летно-испытательных работ, его назначают ведущим лётчиком по испытаниям Су-27.
Ему принадлежит целый ряд мировых рекордов, установленных на самолете Су-27, в том числе по скороподъемности на высоту 3, 6, 9 и 12 тысяч метров. Испытания истребителя успешно завершились в 1984 году, и самолет был принят на вооружение.
На рубеже 1983—1984 годов на Николаевском судостроительном заводе был заложен первый советский авианесущий крейсер. В ОКБ Сухого начались исследовательские работы по отработке параметров взлета и посадки на палубу корабля. Полеты осуществлялись на самолетах Су-25 и Су-27.
В 1985 году предварительные испытания завершились успешной посадкой на аэрофинише. 17 августа 1987 года Пугачёв совершил первый вылет на опытном самолете Су-27К (Т-10К-1) корабельного базирования.
1 ноября 1989 года пилотируемый Пугачёвым самолёт совершает первую посадку на палубу авианесущего крейсера «Тбилиси» (ныне «Адмирал флота Советского Союза Кузнецов»). После завершения испытаний эта машина получила официальное обозначение Су-33, и авиационное производственное объединение в Комсомольске-на-Амуре приступило к её серийному производству.
В 1989 году было впервые принято решение об участии самолетов ОКБ имени Сухого в международном аэрокосмическом салоне в Ле Бурже и о подготовке специального демонстрационного комплекса.
28 апреля того же года Пугачёв впервые продемонстрировал режим динамического торможения с выходом на максимальный угол атаки («кобра») перед специалистами на аэродроме в Жуковском, после чего он был включен в качестве отдельного элемента демонстрационной программы самолета Су-27 в Ле-Бурже.
С 1991 года — заместитель главного конструктора ОКБ имени П.О. Сухого по лётным испытаниям.
Живет и работает в городе Жуковском Московской области.
В 2011 году был избран в Московскую областную думу, но впоследствиии отказался от мандата.
Решение о выходе из партийного списка депутатов Мособлдумы от «Единой России» оставило за Виктором Пугачевым мандат депутата Совета депутатов г. Жуковский.
Работая как летчик-испытатель на самолётах Сухого, В. Г. Пугачёв установил 13 мировых рекордов: