Вернер Херцог (полное имя — Вернер Херцог Стипетич) родился в Мюнхене во время Второй мировой войны. Детство провел в глухой горной деревне Захранг в Баварии, вдали от городской жизни (по собственным словам, впервые воспользовался телефоном в 17 лет). В 12 лет вместе с матерью (родом из Югославии) снова переехал в Мюнхен, где заинтересовался кино и поэзией. В молодости получил несколько наград как подающий надежду поэт.
Когда Херцогу было 13 лет, его семья жила в одной квартире с психически неуравновешенным актёром Клаусом Кински, который исполнит роли в его главных фильмах. Во время учёбы в гимназии, он работал в ночную смену сварщиком на сталелитейном заводе, чтобы достать средства на первые фильмы. В 17 лет его сценарий был запущен в производство одной из немецких студий, но проект был закрыт, когда стало известно, что его автор — несовершеннолетний.
Зрелый период в творчестве Херцога начинается с фильма «И карлики начинали с малого» (1970) о бунте анархистов-лилипутов в исправительной колонии. В Германии фильм был запрещён, однако критики за рубежом увидели в нём жутковатую аллегорию политической жизни. В следующем году много шума в фестивальных кругах наделал документальный фильм Херцога «Фата-моргана» — подборка завораживающих документальных образов, смонтированных в соответствии с их внутренним ритмом. С тех пор Херцог чередовал в своём творчестве игровые и документальные фильмы, выпуская по одной-двум новым лентам ежегодно. При этом игровые фильмы зачастую производят впечатление документальности, а за документальные режиссёра обвиняют в том, что он подстроил запечатлённые в них события.
В 1972 году Херцог и Кински отправились в джунгли Амазонки, чтобы на крошечный бюджет снять сагу о движимом навязчивой идеей конкистадоре Лопе де Агирре. Преодолев неописуемые трудности, съёмочная группа в два месяца завершила работу над картиной «Агирре, гнев Божий», которая поставила Херцога в число ведущих режиссёров современности. «Агирре» признан шедевром Херцога — одни видят в нём осмысление психологических истоков фашизма, другие отмечают предельную реалистичность, отсутствие спецэффектов и то, что фильм «как будто снят в XVI столетии».
Кинематограф Вернера Херцога — это культ отрицания посредственности. <...> [Его герои] осуществляют одинокий и обреченный бунт против культуры как торжества посредственности. Эти немногие, сохранившиеся под катком технологической цивилизации, обладают либо талантами и амбициями сверхчеловека, либо дегенеративными рудиментами недочеловека. И те, и другие — уроды, но не вылепленные из глины големы и не сконструированные линчеобразные мутанты. Они вышли из человеческого лона. Значит, урод живет в самом человеке, прячется в его плоти, в его натуре. Мучительные экстремумы сверхразвития и недоразвития обозначают крайности, в координатах которых обитает человек экзистенциальный, всегда и всюду одинокий. Между этими крайностями живет «человек с людьми» — человек социальный, среднестатистический, массовидный, создающий продукцию, то есть главную организующую материю культуры. Все что угодно лучше, чем такая культура. Все, что позволяет вырваться из ее плоских лимитов, оказаться на полях, на периферии цивилизации. Даже ценой самых мучительных индивидуальных усилий и насилия над своей натурой. Только на самом краю физической экзистенции человек проявляет свое величие. Только в отчаянном и бесполезном напряжении последних сил человек, чей жребий изначально трагичен, вырастает, возвышается над границами повседневного здравого смысла и приближается к монументальным гигантам мифа.
Херцог заставлял своих актёров пройти внутренний путь изображаемых ими персонажей и в других своих фильмах — человек, сыгравший Каспара Хаузера в фильме «Каждый за себя, а Бог против всех» (1974), был найден им в психиатрической лечебнице, где он провёл практически всю жизнь, а на съёмки «Стеклянного сердца» (1976) Херцог пригласил профессиональных гипнотизёров, чтобы ввести актёров-любителей в состояние гипноза.
Несмотря на неуравновешенность характера Кински, Херцог продолжал работать с ним. Вместе они сделали ещё четыре исторических фильма: «Носферату — призрак ночи» (1978), «Войцек» (1979), «Фицкаральдо» (1982) и «Кобра верде» (1988). «Фицкарральдо» стал самым масштабным проектом режиссёра — потребовались титанические усилия и несколько лет работы, чтобы довести его до конца. В окончательном варианте главную роль исполнил опять-таки Кински, а не Джейсон Робардс (c Миком Джаггером в качестве ассистента), как планировалось ранее.
За «Фицкарральдо» Херцог был отмечен наградой Каннского фестиваля как лучший режиссёр, хотя его много критиковали, особенно в родной Германии, за иррациональное стремление к натуралистичности и пренебрежение человеческими жизнями (при съёмках в джунглях Амазонии не обошлось без жертв). Двойственное отношение к работе Херцога, одержимого идеей доснять фильм вне зависимости от той цены, которую придётся за это заплатить, запечатлел и документальный фильм «Бремя мечты» (1982), удостоенный престижной премии BAFTA.
Три художественных фильма, последовавшие за «Фицкарральдо», режиссёр не причисляет к своим удачам; без энтузиазма восприняли их и киноведы. Окончательно рассорившись с Кински, Херцог в течение целого десятилетия (1991—2001) снимал только документальные ленты — о различных необычных событиях и об отдалённых, малоизвестных уголках Земли (включая российскую глубинку). В одной из этих лент, «Мой любимый враг» (1998), он откровенно рассказал о перипетиях отношений с покойным Кински.
В 2001 году, поселившись в Лос-Анджелесе, Херцог вернулся к игровому кино. В его новых фильмах снимаются голливудские звёзды первой величины — Николас Кейдж («Плохой лейтенант»), Кристиан Бэйл («Спасительный рассвет»), Тим Рот («Непобедимый»). К вершинам кинодокументалистики Херцога можно отнести документальные проекты американского периода — «Человек-гризли» (2005) и «Встречи на краю света» (2007, номинация на «Оскар»).
На Венецианском фестивале 2009 года Херцог представил в конкурсе сразу две ленты — «Плохой лейтенант» и «Мой сын, мой сын, что ты наделал» (продюсером последней выступил Дэвид Линч). В 2010 году он возглавлял жюри 60-го Берлинского международного кинофестиваля, где несколькими наградами был отмечен российский фильм «Как я провёл этим летом», действие которого происходит в типичных «херцоговских» локациях — на краю обитаемого света.
Вернер Херцог был женат три раза, и у него есть дочь от актрисы Эвы Маттес, сыгравшей главную роль в «Войцеке».
По оценке онлайн-энциклопедии Allmovie, Херцог известен не только «как создатель одних из самых невероятных рассказов в истории кинематографа», но и за то, что «раз за разом заставляет себя и свою съёмочную группу идти на абсурдные, беспрецедентные шаги, чтобы достичь искомого кинематографического эффекта». Его эксцентричное поведение на съёмочной площадке сделало его самого героем нескольких документальных и полудокументальных фильмов («Случай в Лох-Нессе», «Шагая к Вернеру», «Вернер Херцог ест свой ботинок»).
В его фильмах присутствуют три основные темы:
Херцог исповедует неоромантическое убеждение, что «уродливо как раз все то, что кажется нормальным и повседневным: потребительские товары, магазины, стул, дверная ручка, а также религиозное поведение, застольные манеры, система образования… вот что монструозно, совсем не лилипуты» — действующие лица таких его фильмов, как «И карлики начинали с малого» и «Стеклянное сердце».