Происходил из знатной, влиятельной и богатой семьи князей Патрикеевых, происходящей от второго сына литовского князя Гедимина, Нариманта, крестившегося в православие под именем Глеба. Дед, Юрий Патрикеевич, и отец, Иван Юрьевич, служили великим московским князьям Василию II Васильевичу и Ивану III Васильевичу, занимали высшие государственные должности. Молодой князь Василий успешно начал дипломатическую и военную карьеру: в 1493 он был послан с войсками в Можайск; в течение 1494 года трижды участвовал в переговорах с литовскими послами и после заключения мирного договора был пожалован в бояре; в начале 1496 года Василий Иванович ходил во главе русских войск в поход «на свейские немцы», как в те времена называли шведов. В период ссоры Ивана III с сыном Василием Патрикеевы приняли сторону внука Ивана — Дмитрия Ивановича, провозглашенного наследником престола, в результате чего их постигла опала и в 1499 году князь Василий, был пострижен в монахи в Кирилло-Белозерском монастыре под именем Вассиана.
«Славный в миру воинской доблестью, умом и способностями, князь-инок скоро прославился в монастыре строгой жизнию и обширной начитанностью»,-сообщает церковный писатель.Вскоре инок Вассиан попадает под влияние идей Нила Сорского и примыкает к нестяжателям, выступавшим против «стяжания» церковью земель и другого имущества, в то время как противники нестяжателей, иосифляне, выражали интересы крупного монастырского землевладения. В трактате «Собрание некоего старца» Вассиан призывает «сел не держати, ни владети ими, но жити в тишине и в безмолвии, питаясь своими руками», что показывает его как приверженца церковного аскетизма.
В 1509 году Вассиан был возвращен из ссылки Василием III, доверие и симпатию которого он сумел завоевать. Великий князь называл Вассиана своим «наставником в человеколюбии». Вместе с митрополитом Варлаамом он заступался за опальных и оступившихся, чем снискал всеобщее уважение и почитание.
Пользуясь сложившейся ситуацией, Вассиан предпринял попытку атаки на иосифлян, ведомых Иосифом Волоцким, выпустив в свет свое «Слово», в котором открыто обвиняет своих оппонентов в ереси: «Немощные с еретики ен едят, силнии же да на славу божию сходятся». Впрочем, он не забыл указать на то, что любой еретик достоин прощения во имя его раскаяния.
Активная религиозно-общественная деятельность Вассиана закончилась в 1531 году, когда ставший митрополитом Даниил, ученик Иосифа Волоцкого, в свою очередь обвинил князя-инока в ереси (Вассиан будто бы отрицал учение о двойной — божественной и человеческой — природе Христа и считал, что ему свойственна только одна, божественная сущность). Вассиан был заточён в Иосифо-Волоколамский монастырь, где, по словам князя А. М. Курбского, и «был в скором времени уморен презлыми иосифлянами».