Закончил факультет журналистики МГУ. Работал журналистом в московской прессе. Публиковал эссе, статьи, рассказы и повести в журналах «Новая Юность», «Дружба народов» (премия за лучшую публикацию 1997 года), «Знамя», «Октябрь», «Новый мир» (премия за лучшую публикацию 2004 года).
В 1997 году дебютировал книгой «Тачанки с Юга», посвящённой истории махновского движения. В 2008 году выпустил биографию Нестора Махно в серии «Жизнь замечательных людей».
В 2000-е годы Василий Голованов выступил одним из российских популяризаторов концепции геопоэтики, выдвинутой шотландским мыслителем Кеннетом Уайтом.
В 2004 году номинирован на Премию имени Юрия Казакова. В 2009 году стал лауреатом премии «Ясная Поляна. ХХI век».