Родился Вальтер Новотны в городе Гмюнд (Gmund) в Австрии, в семье железнодорожного служащего. В юности он активно занимался спортом (легкой атлетикой), в 1938 году окончил гимназию. С октября 1939 года Новотны вступил добровольцем в люфтваффе, где хотел быть пилотом Ju-87, однако опытный инструктор распознал в нём талант истребителя. За годы Второй мировой войны Вальтер Новотны дослужился до звания майора, и был назначен командиром новой части истребительной авиации Kommando Nowotny (Команда Новотны), оснащенной реактивными истребителями Me.262. Всего Вальтер Новотны совершил 442 боевых вылета, имеет 258 официально засчитанных побед, 255 из которых он одержал на Восточном фронте. Первая победа — три сбитых И-153, однако он и сам был сбит, после чего трое суток провел в надувной лодке, пока его не прибило к эстонскому берегу.
Днем 8 ноября 1944 Новотны на Me-262 A-1 вылетел с аэродрома Амхер на перехват американских бомбардировщиков в условиях низкой облачности. Обстоятельства боя до конца не прояснены, на земле лишь слышали доносившуюся из-за облаков стрельбу. По его радиодокладам, он сбил бомбардировщик B-24 и истребитель P-51, затем он сообщил о том, что его самолет горит. Что произошло далее, так и осталось неизвестным. Его "Мессершмитт" разбился в 5 км северо-восточнее Ахмера неподалеку от г. Брамше. Новотны погиб.
Хельмут Леннартц вспоминает: