Сначала Кауфман изучал инженерное дело в берлинском и мюнхенском технических университетах, затем слушал курс физики в университетах этих же городов. В 1894 году защитил диссертацию, с 1899 года — экстраординарный профессор физики Боннского университета. Позднее (1908) он получил приглашение стать ординарным профессором экспериментальной физики в Кёнигсбергском университете и руководителем физического института при университете; эти должности он занимал вплоть до отставки в 1935 году.
Работы Кауфмана относились к механике, аэродинамике, гидромеханике и атомной физике. В 1897 году Кауфман, одновременно с Дж. Дж. Томсоном, измерил отношение заряд/масса для катодных лучей. Результаты у обоих экспериментаторов были сходны, однако Кауфман, в отличие от Томсона, был осторожен в своих выводах, и слава первооткрывателя электрона досталась Томсону.
Ещё до создания специальной теории относительности Кауфман провёл серию экспериментов (1901—1903), впервые установивших зависимость отношения заряд/масса для электрона от его скорости (впрочем, теоретически этот факт был ранее предсказан Хевисайдом и Дж. Дж. Томсоном). В то время данный эффект трактовали как наличие у электрона, кроме (или вместо) обычной, ещё и особой «электромагнитной» массы. Для зависимости массы от скорости были предложены три различные формулы: Макса Абрагама, Альфреда Бухерера и Гендрика Лоренца.
В конце 1905 года, уже после эйнштейновской публикации СТО, Кауфман провёл новые измерения, несколько повысив их точность по сравнению с предыдущими. Опубликованные результаты этих экспериментов не подтверждали формулы Лоренца, вошедшей и в теорию относительности, и тем самым ставили под сомнение выполнение принципа относительности для электродинамики. Сам Кауфман к теории относительности с самого начала отнёсся с недоверием и объявил, что его опыты свидетельствуют в пользу не эйнштейновской, а альтернативной теории Макса Абрагама. Однако несколько позднее независимые измерения, проведенные Альфредом Бухерером (1908), Нойманом (1914) и др., показали, что принцип относительности в электродинамике тоже выполняется, и теория Абрагама была отвергнута. Вопрос о том, была ли точность упомянутых опытов достаточной для такого вывода уже в те годы, является спорным.