В 1935 году ему удалось эмигрировать в Советский Союз. В том же году он принял участие в VI Всемирном конгрессе Коммунистического интернационала молодёжи. После этого обучался в Международной ленинской школе. С 1938 года он находился на нелегальном положении в Дании.
15 июня 1950 года Вальдемар Фернер получил звание генерал-инспектора и был назначен руководителем Главного Управления морской полиции, которое подчинялось Министерству внутренних дел ГДР (нем. Hauptverwaltung Seepolizei im Ministerium des Innern). 1 июля 1952 года Управление было реорганизовано в Морскую народную полицию (нем. Volkspolizei (VP)-See) со штаб-квартирой в Штральзунде. Фернер возглавлял её до 31 августа 1955 года. 1 октября 1952 года ему было присвоено звание вице-адмирала. В 1954 году он стал кандидатом в члены ЦК СЕПГ. В 1955—1956 годах проходил обучение в Военно-Морской академии в Ленинграде.
С 1 января 1957 года по 31 июля 1959 года — командующий ВМС ГДР. С 1 августа 1959 года и вплоть до отставки (31 декабря 1978) — заместитель Министра Национальной обороны ГДР, начальник Главного политического управления ННА. 1 марта 1961 года ему первым в ГДР было присвоено звание адмирала.
С 1964 года — член ЦК СЕПГ. В 1979 году он был назначен генеральным секретарём комитета ГДР по ОБСЕ. В 1981 году стал депутатом Народной палаты ГДР.