Родился в посёлке Оверейсе в окрестностях Брюсселя. Учился в иезуитском коллегиуме и в Лёвенском университете. Преподавал историю и право в Йене, Лейдене и Лёвене. Прославился на всю Европу авторитетными изданиями латинской прозы, в особенности Тацита (1574) и Сенеки (1605). Его издания классиков служили эталоном для многих поколений филологов.
В качестве писателя Липсий подражал лапидарному стилю Тацита, не одобряя завихрений цицероновской риторики. В 1589 году опубликовал политический трактат, в котором отстаивал необходимость рационализации государственного аппарата. В философских взглядах следовал за стоиками, особенно почитал Сенеку.