Окончил романо-германское отделение филологического факультета МГУ (1953); преподавал французский язык. Кандидатская диссертация (1958) посвящена употреблениям временных форм французского глагола. Работал сотрудником Лаборатории машинного перевода (МГПИИЯ, ныне МГЛУ) (c 1959) и преподавателем на кафедре перевода того же института (1960—1975); научным сотрудником ВЦП (1975—1991), где руководил созданием системы французско-русского автоматического перевода; преподавателем РГГУ (1993—2003).
Ю. С. Мартемьянов был автором оригинальной синтаксической модели языка — валентно-юнктивно-эмфазной грамматики, для которой им был разработан особый метаязык и терминология. Его работы по описанию структуры ситуации и «художественного мира» (на материале народных сказок и афоризмов Ларошфуко) считаются во многом опередившими своё время и предвосхитившими ряд идей искусственного интеллекта и когнитивной лингвистики.