Родился 9 июня 1950 года в Кировабаде(город Гянджа). Окончил факультет журналистики МГУ имени М. В. Ломоносова (1975). Журналистскую карьеру начал в 17 лет (первая публикация — в «Московском комсомольце»). В 1972—1980 вёл рубрику «Алый парус» в газете «Комсомольская правда», где занимался подростковыми проблемами.
С 1980 по июль 1996 состоял редактором отдела расследований в «Литературной газете». С 1996 работал заместителем главного редактора и редактором отдела расследований в «Новой газете». В числе основных тем публикаций Щекочихина в 1990-е годы — состояние российской армии, освобождение пленных и заложников в Чечне, коррупция в органах государственной власти, социальные проблемы. В 1995 Юрий Щекочихин — автор и ведущий программы («журналистского расследования») «Специальная бригада» (программа была снята с эфира как «дестабилизующая обстановку в стране»).
Политическую деятельность Щекочихин начал в 1990 году, когда был избран народным депутатом СССР от одного из избирательных округов Луганской области. В 1995 стал депутатом Государственной думы второго созыва от фракции «Яблоко», в 1999 вошёл в Государственную думу третьего созыва (по списку «Яблока»).
Щекочихин входил в состав Комитета по безопасности Госдумы (занимал должность заместителя председателя Комитета в Госдуме третьего созыва) и Комиссии по борьбе с коррупцией в органах государственной власти. Рассматривал проблемы организованной преступности (в том числе подростковой преступности), был автором ряда острых публикаций на эту тему. Был экспертом ООН по вопросам организованной преступности. Был президентом Международного фонда в поддержку молодой творческой интеллигенции (1993—2003).
В последние годы жизни Щекочихин расследовал «мебельное дело» (дело «Трёх китов») и сопутствовавший конфликт между силовыми органами. Требовал возобновления этого остановленного дела в Генеральной прокуратуре. В 2002—2003 получал анонимные звонки с угрозами.
Сергей Соколов писал, что расследования Щекочихина, подобные делу министра Адамова, делу об отмывании денег через «Бэнк оф Нью-Йорк», делу «Трёх китов» и десятку других, «затрагивали интересы коррупционеров высочайшего уровня».
Незадолго до своей смерти, в 2002—2003 гг. Щекочихин был членом «Общественной комиссии по расследованию обстоятельств взрывов домов в городах Москве и Волгодонске и проведения учений в городе Рязани в сентябре 1999 года» под руководством Сергея Ковалёва.
Юрий Щекочихин был одной из ключевых фигур «Комсомольской правды» 70-х, где он вёл рубрику «Алый парус». Рубрика стала стартовой площадкой для любителей-журналистов; под патронажем Щекочихина работал, в частности, Евгений Додолев.
Щекочихин — автор пьес, киносценариев, прозаических произведений. Одним из направлений его творчества была подростковая преступность.
Автор книги «Рабы ГБ. XX век. Религия предательства», 1999 год.
Работал журналистом «Новой газеты».
В одной из статей 2001 года отмечал, как месяц участия в операции в Чечне в 1995 году ожесточал мировоззрение борцов с профессиональной преступностью, которые выполняли приказы руководства.
Умер после скоротечной болезни 3 июля 2003. По утверждения заместителя главного редактора «Новой газеты» Сергея Соколова, Щекочихин «за две недели превратился в глубокого старика, волосы выпадали клоками, с тела сошла кожа, практически вся, один за другим отказывали внутренние органы.»
Согласно заключению судебно-медицинской экспертизы, причина смерти — тяжёлая общая интоксикация, выразившаяся в синдроме Лайелла. Заведующий отделением анестезиологии и реанимации В.П.Фоминых писал в объяснении, что исследование в двух лабораториях обнаружило в биологическом материале «фармацевтические ингредиенты» фенол и лидокаин, которые не должны были находиться в организме человека. Фоминых заключил, что присутствие лидокаина объясняется его применением для местного обезболивания, а присутствие фенола — распадом белка в терминальной стадии заболевания. Редакция «Новой газеты» не нашла результатов повторного анализа крови, взятого 3-го июля по «договорённости с начальником Медицинского Управления МВД Кругловым А.Г.», среди медицинских документов.
В октябре 2007 года по настоянию «Новой газеты» Следственный комитет при прокуратуре РФ (СКП) возобновил расследование обстоятельств смерти Щекочихина.
Адвокат В. И. Калиниченко в эфире радиостанции «Эхо Москвы» 30 октября 2007 рассказал, что «когда мы его [Юрия Щекочихина] хоронили, я стоял недалеко от его гроба вместе с Асланбеком Аслахановым, который несколько раз повторял: „Юру убили“. Вот тогда к нам подошёл один из бывших руководителей МВД, и говорит — „Юрку отравили таллием“».
В начале апреля 2008 года представитель Следственного комитета при прокуратуре России заявил, что «планируется провести целый комплекс следственно-оперативных мероприятий, в том числе, ряд сложных комплексных экспертиз с привлечением зарубежных специалистов из экспертных учреждений».
4 апреля 2008 по факту смерти Щекочихина было возбуждено уголовное дело по статье «Убийство».
В сентябре 2008 года была проведена эксгумация тела Щекочихина и назначена экспертиза по факту его смерти.
4 апреля 2009 года уголовное дело по факту смерти Щекочихина прекращено за отсутствием состава преступления.
По заявлению Олега Калугина, Щекочихин, возможно, был отравлен полонием.
16 сентября 2010 года СКП возобновил расследование уголовного дела по факту смерти Юрия Щекочихина «в связи с поступившими в распоряжение следствия новыми данными, требующими проведения дополнительных следственных действий».