Настоящий отец Нагибина — Кирилл Александрович Нагибин — погиб в 1920 году. Кирилл Александрович был дворянином, и его расстреляли как участника белогвардейского восстания в Курской губернии.
Кирилл Александрович оставил беременную жену Ксению Алексеевну своему другу адвокату Марку Левенталю, который усыновил Юрия. Лишь в зрелые годы Юрию Марковичу рассказали, кто его настоящий отец.
Мать Юрия Нагибина дала ему отчество Маркович, чтобы никто не узнал о его дворянском происхождении. Это позволило Юрию с отличием окончить школу и беспрепятственно поступить на сценарный факультет ВГИКа.
Вот что пишет Ю. М. Нагибин о своем происхождении в дневнике: «Мое анкетное существование весьма резко отличается от подлинного. Один из двух виновников моего появления на свет так основательно растворился среди всевозможных мифических отчимов, что можно подумать, будто я возник только из яйцеклетки. Но вытравить отца мне удалось лишь из анкетного бытия. В другом, в плоти и крови, существовании моем он непрестанно напоминает о себе».
Впрочем, и отчима Нагибина — Марка Левенталя, который работал в Москве адвокатом, в 1927 году сослали в республику Коми (там он и умер в 1952). Нагибин ездил к отчиму в тайне от своих знакомых и друзей. Вот что он пишет в своем дневнике по этому поводу в 1952 году:
«Я должен быть ему (Марку Левенталю) благодарен больше, чем любой другой сын — своему отцу, кормившему, поившему, одевавшему его. Я его кормил, поил, одевал. В этом отношении мое чувство совершенно свободно. Но благодаря ему я узнал столько боли всех оттенков и родов, сколько мне не причинили все остальные люди, вместе взятые. Это единственная основа моего душевного опыта. Всё остальное во мне — дрянь, мелочь».
В 1928 году мать Нагибина вышла замуж за писателя Якова Рыкачёва, который поощрял первые литературные опыты Юрия.
В 1938 Юрий поступил в Первый московский медицинский институт, но вскоре перевёлся во ВГИК, который не окончил из-за войны. В 1940 году опубликовал первый рассказ. Его дебют поддержали Ю. Олеша и В. Катаев. В 1940 принят в Союз писателей.
С января 1942 года инструктор 7-го отдела Политуправления Волховского фронта, с июля 1942 года старший инструктор 7-го отделения политотдела 60-й армии Воронежского фронта. После тяжёлой контузии в бою работал до конца войны специальным военным корреспондентом газеты «Труд». В 1943 году вышел первый сборник рассказов.
Работал в малой форме (рассказы, изредка повести), писал киносценарии, по которым снято более 40 фильмов. Член редколлегии журналов «Знамя» (1955—1965), «Наш современник» (1966—1981). Член правления СП РСФСР с 1975 года, правления СП СССР с 1981 года. Заслуженный работник культуры ПНР.
В 1966 году поставил свою подпись под письмом в защиту А. Синявского и Ю. Даниэля. В 1993 году подписал «Письмо 42-х».
Юрий Нагибин был женат шесть раз. Одной из его жён была Белла Ахмадулина. Впрочем, безмерное увлечение женщинами вредило Нагибину как писателю. Женолюбство писателя не совпадало с принятым каноном советского человека. Поэтому в дневнике Юрия Марковича в 1968 году появляется такая запись: «очередное проявление административной грации: меня вычеркнули в последний момент из списка едущих на летнюю Олимпиаду. Причина всё та же: морально неустойчив. Как же, потерял жену и посмел жить с другой бабой».
Нагибин часто переживал о том, что ему приходится писать не то, что он думает на самом деле. Но писатель оправдывает себя тем, что «я мог зарабатывать только пером. И на мне было еще три человека. Берут — хорошо, дают деньги. Я приезжаю домой — там радовались».
Временами Юрию Марковичу приходилось выдумывать статьи и выдавать их за реальную жизнь для того, чтобы хоть как-то выжить: «один раз продержался на том, что писал месяц для газеты о Сталинском избирательном округе. (Это было в 1950 году). А там у меня какие-то цыгане табором приходят голосовать за Сталина с песнями-плясками, а их не пускают. Они кричат, что хотят отдать свои голоса за любимого вождя… Грузинский летчик-инвалид, сбитый в бою, приползает на обрубках… Редактор спрашивает: „Скажите, что-нибудь из этого все-таки было?“. Я говорю: „Как вы считаете, могло быть?“. Он: „Но мы же могли сесть!“. Но не только не сели, а еще и премиальные получили!»
Нагибин делит литературу на халтуру и искусство. Причем, халтуру сравнивает с водкой: «Халтура заменила для меня водку. Она почти столь же успешно хотя и с большим вредом позволяет отделаться от себя. Если бы родные это поняли, они должны были бы повести такую же самоотверженную борьбу с моим пребыванием за письменным столом, как прежде с моим пребыванием за бутылкой. Ведь и то, и другое — разрушение личности. Только халтура — более убийственное».
Халтурой Нагибин называет писание газетных статей посвященных вождю и восхваляющих существующий строй и сценариев к советским кинофильмам. Но, в то же время, писатель осознает другую сторону своей деятельности: «стоит подумать, что бездарно, холодно, дрянно исписанные листки могут превратиться в чудесный кусок кожи на каучуке, так красиво облегающий ногу, или в кусок отличнейшей шерсти, в котором невольно начинаешь себя уважать, или в какую-нибудь другую вещь из мягкой, теплой, матовой, блестящей, хрусткой, нежной или грубой материи, тогда перестают быть противными измаранные чернилами листки, хочется марать много, много».
Не менее важными для писателя являются поездки за границу, Нагибин за свою жизнь посещает более 30 стран. Поездки для писателя как «глоток чистого воздуха», впрочем, дело даже не в поездках, а в тоске по поездке, тоске по Ленинграду, Парижу и невиданной сроду Ниагаре. Из этого могут возникнуть «дивные звуки» (да и возникли — «Моя Венеция»), а не из туристско-гостиничного мыкания.
Юрий Маркович Нагибин был талантливейшим писателем, но ему дорого пришлось заплатить за теплое место под солнцем в советской системе. Большую часть своего таланта он потратил на «халтуру», вымышленную ложь, прославляющую советский строй. Такова была плата за беспартийность и материальное благополучие. Единственной отдушиной для Юрия Нагибина стал его дневник, который впоследствии оказался самым лучшим и самым откровенным произведением писателя.