Родился в 1956 году в городе Петропавловске. В 1979 году окончил Казанский авиационный институт, служил два года в вооружённых силах, работал в авиационной промышленности. С 1983 года служил в органах госбезопасности Татарстана. Прошёл трудовой путь от оперуполномоченного до заместителя начальника УФСБ России по Республике Татарстан.
В марте 2007 года указом Президента России назначен на должность начальника регионального управления ФСБ России по Тюменской области. Его предшественник, генерал-майор Александр Вяткин возглавил УФСБ по Приморскому краю.
Представляя полковника Пахомова личному составу управления, заместитель директора ФСБ России генерал-полковник Евгений Ловырев отрекомендовал его как «профессионала и опытного руководителя». Полномочный представитель президента России в УрФО Пётр Латышев отметил, что «Юрий Пахомов проявил себя как ответственный и умелый руководитель, и сможет сохранить все позитивные наработки».
Юрий Пахомов женат, у него три дочери.