В качестве тренера добился наибольших успехов с «Гертой» (3-е место, участие в Лиге Чемпионов). С 20 августа 2008 года возглавляет подмосковный «Сатурн». Первую игру под его руководством «инопланетяне» провели 24 августа в рамках 19-го тура Чемпионата России, клуб «Луч-Энергия» был повержен со счётом 2:1. На данный момент команда провела 8 игр под руководством немецкого тренера и набрала 5 очков (1 победа, 2 ничьи и 5 поражений).
В пятницу, 15 мая 2009 года, перед началом тренировочного занятия генеральный директор "Сатурна" Игорь Ефремов объявил команде о расторжении контракта с главным тренером Юргеном Рёбером. Причиной его увольнения стала неудовлетворительная игра команды в Чемпионате России по футболу - 2009. В июне 2009 года Юрген Рёбер подписал двухлетний контракт с турецким футбольным клубом Анкараспор, выступающим в Турецкой футбольной суперлиге, являющейся сильнейшим дивизионом турецкого футбола.
Рёбер был дважды женат, у него есть сын и пасынок.