Родился в деревне Озяты Кобринского уезда Гродненской губернии (ныне Республика Беларусь, Брестская область, Жабинковский район).
Окончил Петрбургскую духовную акадмеию. Магистр петербургской Духовной академии (1861). Отказался от от духовного сана. Преподавал русский язык в Молодечненской учительской семинарии. Служил инспектором народных училищ Виленского учебного округа, затем директором Полоцкой учительской семинарии, позже — Виленского учительского института. Был выслан директором Туркестанской учительской семинарии в 1884 ввиду обнаружения подозрительных белорусских кружков в руководимом им учебном заведении.
По возвращении в Вильну председатель Виленской археографической комиссии и музея (1888—1902).
Отец известного русского советского востоковеда И. Ю. Крачковского (1883—1951).
Умер 25 июля 1903 года. Похоронен на Евфросиниевском кладбище в Вильне.
Под его руководством были изданы несколько томов актов Виленской археографической комиссии (составитель 16-го и 20-го томов, автор предисловий к ним и к 25-му тому).